Otec fenomenologie Edmund Husserl se v Německu stával čím dál víc personou non grata. Pražským filosofickým kroužkem a Patočkovým prostřednictvím byl na rok 1935 pozván k přednáškám do Prahy. Vzrostlo z nich Husserlovo poslední dílo, Krize evropských věd a transcendentální fenomenologie. Pražský text vyšel v revui Philosophia v Bělehradě (kam její vydavatel emigroval z Německa), s doprovodnými statěmi členů Kroužku, včetně Patočkovy. „Krize“ zde byla diagnostikována nejen v selhávajících novověkých vědách, nýbrž pojmenovává i prohlubující se nemoc Evropy, v jejímž sevření po necelých třech letech Husserl umírá. Na Husserlovy pražské přednášky navázal Patočka ve své filosofické prvotině Přirozený svět jako filosofický problém, v r. 1936 obhájené jako habilitační práce. K tématu přirozeného světa se bude Patočka celoživotně vracet: ještě v roce 1969 napíše k novému vydání obsáhlý doslov. Jedním z německých běženců byl Husserlův asistent Ludwig Landgrebe. V péči Pražského filosofického kroužku začal přepisovat Husserlovy dosud nevydané rukopisy. Podařilo se sice vydat první svazek těchto spisů, Erfahrung und Urteil (Zkušenost a soud), ale v těchže dnech došlo k německému obsazení Prahy a kniha byla zkonfiskována. Vystavený exemplář je jedním z mála zachovaných. Když se ukázalo, že Praha není pro Husserlovy rukopisy bezpečným místem, objevil se františkánský mnich Herman Leo van Breda z Katolické univerzity v belgické Lovani. V předvečer světové války zorganizoval propašování tisíců stránek Husserlových rukopisů do Lovaně, kde dodnes sídlí Husserlův archiv vydávající Husserlovy sebrané spisy.
Po uzavření českých vysokých škol stává se Patočka namísto vysokoškolského docenta gymnaziálním profesorem. „Myšlenku vzdělanosti“ nenaplňuje jen mezi školními lavicemi: v ediční řadě Svazků úvah a studií Františka Kovárny stejně jako ve statích pro Kritický měsíčník, redigovaný Václavem Černým, je pro Patočku vzdělanost bojem o lidskou svobodu: tak, aby „získala pro člověka život z vlastního kořene, z vlastního základu“. Dějinám myšlení a vzdělanosti, dějinnosti a „světovosti“ věnuje Patočka četné privátní rukopisy. Ve válečném běsnění zdůrazňuje i v německém myšlení linii evropské racionality, „filosofii humanity“, ať už se zamýšlí nad Kantem či Herderem. Při interpretaci Karla Hynka Máchy dostává se dějinnost a časovost, tváří v tvář zemi-matce v jejím „věčně živém povstávání a zanikání“, do protiváhy s věčností. S obnovením výuky na vysokých školách vypsal Patočka hned v létě 1945 na Filosofické fakultě Karlovy univerzity kurz Přehledných dějin filosofie. Do filosofického myšlení uvádí studenty vědomě z filosofie řecké – z myšlení presokratiků, Sókrata, Platóna, Aristotela. Neboť tehdy dostala filosofie nejen své jméno, ale stala se i výzvou k „vnitřní proměně člověka z vlastního myšlenkového úsilí o pravdu“. Když přednáší Patočka, plní se posluchárny k prasknutí, každou z jeho přednášek si studenti nadšeně opisují, sami si je vydávají jako učební skripta. Patočkův Sókratés se pro ně stává „objevitelem lidské dějinnosti“, příkladem boje za ryze osobní, hledačskou životní cestu, zosobněním péče o duši – navzdory tomu, co se začíná v té době ozývat vábivě i výhružně z veřejných tlampačů.
V krátkém mezidobí let 1945–1947 se Jan Patočka plně zapojil do veřejných debat v širokém spektru domácích časopisů (Kritický měsíčník, Křesťanská revue, Naše doba). Proti vtírající se komunistické ideologii staví „život v ideji“, Masarykovu humanitní „ideu člověka“. V rukopise nadepsaném Věčnost a dějinnost – po únoru 1948 již bez šance, aby mohl být publikován – promýšlí Patočka v dialogu s posmrtným vydáním Rádlovy Útěchy z filosofie podřízenost člověka ideji mravního řádu jako naddějinné klenbě nad „domnělým věděním“ moderních věd a sebejistých ideologií. Idea ukazuje k tomu „co není z tohoto světa pouhých fakt a objektivity…, ukazuje k věčnému“. Své myšlenky a úvahy nad doširoka rozpřaženou četbou zaznamenává Patočka do systematicky vedených, ryze privátních filosofických deníků. Poté, co po únoru 48 zanikly všechny časopisy, do kterých Patočka přispíval (zůstala jen Křesťanská revue), přišla zázračná nabídka časopisu Vesmír, vydávaného Československou akademií věd. Patočka zde uveřejnil několik studií o významu Aristotelovy filosofické přírodovědy pro rozvoj moderních věd. Stanou se základem knihy Aristoteles, jeho předchůdci a dědicové, která přinese Patočkovi uznání akademické obce, titul DrSc. To už zakotvil ve Filosofickém ústavu ČSAV. V roce 1960 tu vydal svůj rozsáhle komentovaný překlad Hegelovy Fenomenologie ducha, péčí spolupracovníků Archivu JP dnes k dispozici i jako e-book.
Souběžně s návratem do domácí filosofické obce je Jan Patočka zván k přednáškám mezinárodními komeniologickými a filosoficko-fenomenologickými kruhy a je mu dovoleno těmto pozváním vyhovět. Velký úspěch zaznamenaly přednášky v Lovani r. 1965 věnované „příspěvku českých zemí k ideálu moderní vědy“, od Keplera přes Komenského k Bolzanovi a Husserlovi. V roce 1964 se Patočka vrátil na Filosofickou fakultu UK externími přednáškami Úvod do studia Husserlovy fenomenologie. Hutný text nemůže být publikován jako samostatná kniha, ale v pěti pokračováních vychází ve Filosofickém časopisu – dřív, než ve skriptech na filosofické fakultě. Až po třech letech tu Patočka začne řádně přednášet. Patočkovy fenomenologické texty se v 60. letech prolínají s časopiseckými statěmi komeniologickými i s články v tehdejších kulturních časopisech (Tvář, Divadlo, Orientace, Dějiny a současnost…). V Literárních listech r. 1968 se Patočka zasazuje o reformu akademického života, „smyslu dneška“ se dobírá aktuálními esejemi. Veřejného kulturního života bude účasten až do počátku 70. let, v úvahách k inovativním inscenacím Divadla za branou i v rozhovorech s umělci, s Mikulášem Medkem či Janem Koblasou. Krátce předtím, než intelektuální život zatuhne do tzv. normalizace, uveřejní Patočka v Sociologickém časopise svou programovou úvahu „Filosofie českých dějin“…
V r. 1975 vyšly samizdatové Kacířské eseje o filosofii dějin, Patočkovo vrcholné dílo, do něhož vyústilo jeho myšlení o dějinách. Dějiny Evropy začínají v demokratické řecké obci. Svobodní občané – ve vzmachu nad úroveň pouhé úživy – mezi možnostmi svého života hájí svobodu. Člověk se stává dějinnou bytostí, která „pečuje o duši“, o duši vlastní i o „duši obce“. Dějiny Evropy jsou dějinami „péče o duši“… Do společenství těch, kteří se starají o „duši obce“, vstupuje Patočka podpisem pod protest proti procesu s undergroundovými skupinami The Plastic People a DG 307. V lednu 1977 se stává spolu s Václavem Havlem a Jiřím Hájkem mluvčím občanské iniciativy Charta 77, která vyzývá komunistický režim k respektování lidských a občanských práv. Obhajobě těchto požadavků věnuje všechny své síly a několik dní po celodenním vyčerpávajícím výslechu Státní bezpečností dne 13. března 1977 umírá.
V komentáři ke Komenského Všeobecné poradě o nápravě věcí lidských (De rerum humanarum emendatione consultatio catholica) jako by do dobového ovzduší třicetileté války, Komenským bolestně prožívané, vtiskl Patočka své uvažování o dějinách. Rezonují tu křeče moderní společenské krize 20. století, obou válek srážejících Evropu na kolena i poválečné studené války a jejích horkých válek lokálních, znejisťujících soudobou „nadcivilizaci“… To vše v hlubokém porozumění Komenského „všenápravě“, která jediná – prostřednictvím vzdělanosti – vede člověka labyrintem světa „k sobě samému“. Vzdělancům nutno se k tomu spojovat napříč prostorem: v Komenského časech v „republice dopisů“ zasílaných křížem krážem Evropou – ve stoletích následujících v „republice vzdělanců“ sdílejících a zasazujících se o ideje kultury jakožto humanity, s nimiž Evropa stojí a padá.
Na počátku pozornosti Jana Patočky k osobnosti J. A. Komenského stojí Patočkův otec, Josef Patočka, profesionálně se zabývající školskou didaktikou. Patočka Jan záhy zkoumá Komenského z hlediska „duchovědného“, jako filosof zabývající se dějinami idejí. V Kritickém měsíčníku z roku 1941 to programově vyhlásil pod titulkem „O nový pohled na Komenského“. Na základě privátního studia pozdní renesance ohledává ve svých válečných rukopisech místo „na duchovně-dějinné mapě, na které Komenský skutečně patří“ – mezi osobnosti novověké vědy a vzdělanosti. Na komeniologických pracovištích v letech 50. bude Jan Patočka propracovávat filosofickou interpretaci Komenského, po zbytek života bude jedním z věhlasných světových komeniologů.
Patočkův vztah k Masarykovi byl od mládí utvářen jeho otcem: TGM byl Josefu Patočkovi intelektuální autoritou mj. v problematice umělecké výchovy na školách. Masaryk bude procházet publicistikou i samostatnými studiemi Jana Patočky celoživotně, bez ohledu na přízeň či nepřízeň režimů. Při Patočkově návštěvě ve Freiburku o vánocích 1934 vzpomínal Husserl na své někdejší přátelství s Masarykem, rovněž odchovancem filosofie Franze Brentana. V souvislosti s pražskými přednáškami Patočka srovnává Husserla a Masaryka „v čase krize“ v revui Kvart 1936. V chmurném roce 1939 je Masaryk Patočkovi součástí povzbudivého duchovního fondu „české vzdělanosti v Evropě“. K Masarykovi a jeho „humanitní ideji“ se Patočka ohlíží za války i po ní, vstříc náporu totalitních ideologií. Dvě studie o Masarykovi, vydané v r. 1977 v samizdatu, budou poslední prací dokončenou za Patočkova života.
Po vyhazovu z filosofické fakulty se Patočka v letech 1950–1953 uzavírá do badatelské klauzury v Ústavu T. G. Masaryka. Dnešní Masarykův ústav AV ČR dosud uchovává „popis práce“ badatele Jana Patočky: rešerše dokumentů o vztahu TGM ke slovanskému světu do první světové války, o postoji k jihoslovanské otázce, k situaci v Bosně-Hercegovině. Zvláštní pozornost věnoval Patočka Masarykovu boji proti antisemitismu za tzv. hilsneriády. Vypracovaná studie zůstala za tehdejšího režimu bez šance na zveřejnění – vždyť oběti probíhajících politických procesů byly obviňovány ze zločinného sionistického spiknutí. V rámci „boje proti pozůstatkům masarykismu“ je v roce 1953 Ústav TGM převzat státem a v roce 1954 definitivně zrušen. Archiv a knihovna byly z větší části rozchváceny, zbytky zachované v základní knihovně ČSAV vráceny až po roce 1989 do dnešního Masarykova ústavu AV ČR.