Období okupace Československa znamenalo mohutný útlum české vědy vyvolaný především zavřením vysokých škol a nacistickou perzekucí mnohých badatelů. Česká akademie věd a umění fungovala přes celé období, i ona se však potýkala s vážnými problémy a ochromením činnosti. Klidu se nedočkala ani po skončení válečného konfliktu, kdy se prudce zvýšil tlak na její zásadní transformaci do podoby centralizované akademie věd. Nakonec představitelé nové komunistické moci ČAVU i další tradiční instituce české vědy zrušili a vybudovali především na přírodní a technické vědy orientovanou Československou akademii věd (ČSAV), která se hlásila jen k části tradic ČAVU a Královské české společnosti nauk., The occupation of Czechoslovakia resulted in the enormous suppression of Czech science, primarily due to the closure of Universities and the Nazi persecution of many researchers. The Czech Academy of Sciences and Arts operated throughout this period, but also came up against serious problems and paralysis of its activities. After the end of the war, pressure mounted sharply to transform it fundamentally into a centralized Academy of Sciences. Eventually the representatives of the new communist power closed down CASA and other traditional Czech research institutions and created a Czechoslovak Academy of Sciences, primarily focusing on natural and technical sciences, and espousing only some of the traditions of CASA and the Royal Bohemian Society of Sciences., and Martin Franc.