With regard to the water quality changes, the area of the Czech part of the Elbe River basin is extraordinarily dynamic. In the 20th century it experienced an enormous increase of load of pollution. Since the beginning of the 1990´s due to the political and economical changes we have witnessed a particularly intensive decrease in the emission volume and a related increase in water quality of watercourses. However, positive changes in the pollution load balance have occurred mainly in the biggest watercourses and these changes have not been accompanied by similar development in the whole river system. Using a newly created classification methodology the basic models of dynamics of water quality changes in the Elbe River basin have been derived. Based on GIS geostatistical analysis, regions with analogous water quality development trends have been defined for selected parameters and critical areas have been identified. It has become apparent that the prevailing part of the Elbe River basin has been experiencing a gradual increase in pollution. In addition, after a previous decrease, a number of watercourses experienced a recurrence of the increase in load. These areas are priorities for further development and the control of surface water protection against pollution. and Oblast české části povodí Labe je z hlediska změn kvality vody mimořádně dynamická. Díky intenzivnímu vývoji antropogenních aktivit a společenským změnám zaznamenala v průběhu 20. století nejprve enormní nárůst zátěže znečištěním, od počátku 90. let jsme naopak svědky mimořádně intenzivního snížení objemu emisí a souvisejícího zvyšování jakosti vody v tocích. Pozitivní změny v látkové bilanci jsou však soustředěny především na největší toky – Labe a Vltavu a nejsou doprovázeny obdobným vývojem v celém povodí. Pomocí nově vytvořené metodiky klasifikace vývoje kvality vody prezentované v článku byly na základě geostatistické analýzy sestaveny základní modely časové dynamiky změn kvality vody v povodí Labe. Pro jednotlivé ukazatele byly na základě analýzy v prostředí GIS vymezeny regiony s analogickými trendy vývoje kvality povrchových vod a identifikovány kritické oblasti. Ukazuje se, že přes pozitivní vývoj jakosti vody v hlavních sídelních a průmyslových regionech v 90. letech převažující část povodí Labe stále zaznamenává v jednotlivých ukazatelích postupný nárůst znečištění, na řadě toků navíc po předchozím poklesu dochází k opětovnému nárůstu zátěže. Tyto oblasti představují prioritu pro další rozvoj a řízení ochrany povrchových vod před znečištěním.