Období okupace Československa znamenalo mohutný útlum české vědy vyvolaný především zavřením vysokých škol a nacistickou perzekucí mnohých badatelů. Česká akademie věd a umění fungovala přes celé období, i ona se však potýkala s vážnými problémy a ochromením činnosti. Klidu se nedočkala ani po skončení válečného konfliktu, kdy se prudce zvýšil tlak na její zásadní transformaci do podoby centralizované akademie věd. Nakonec představitelé nové komunistické moci ČAVU i další tradiční instituce české vědy zrušili a vybudovali především na přírodní a technické vědy orientovanou Československou akademii věd (ČSAV), která se hlásila jen k části tradic ČAVU a Královské české společnosti nauk., The occupation of Czechoslovakia resulted in the enormous suppression of Czech science, primarily due to the closure of Universities and the Nazi persecution of many researchers. The Czech Academy of Sciences and Arts operated throughout this period, but also came up against serious problems and paralysis of its activities. After the end of the war, pressure mounted sharply to transform it fundamentally into a centralized Academy of Sciences. Eventually the representatives of the new communist power closed down CASA and other traditional Czech research institutions and created a Czechoslovak Academy of Sciences, primarily focusing on natural and technical sciences, and espousing only some of the traditions of CASA and the Royal Bohemian Society of Sciences., and Martin Franc.
Po zahájení činnosti v roce 1953 v Československé akademii věd v rámci její IV. biologicko-lékařské sekce fungovalo pouze pět samostatných pracovišť. Vedle mohutného Biologického ústavu šlo o Laboratoř pro výzkum vyšší nervové činnosti, Laboratoř pro elektronovou mikroskopii v biologii, Sbírka autotrofních rostlin a na Slovensku sídlící Virologický ústav. Článek sleduje postupný rozrod pracovišť, zejména ve dvou etapách - první zvýšení počtu akademických institucí zabývajících se živou přírodou přišlo již na počátku roku 1954, i když se jednalo spíše o laboratoře představující pouhé zárodky pozdějších ústavů. Důležitou roli v celém procesu sehrávala i Geobotanická laboratoř navazující na Geobotanickou komisi fungující již od roku 1952. K dalšímu "velkému třesku" a zvýšení počtu pracovišť ČSAV bádajících v oblasti živé přírody došlo v roce 1962. Jeho základem se stalo rozčlenění Biologického ústavu na několik samostatných institucí. Z dosavadních oddělení a dalších útvarů v rámci Biologického ústavu vznikly např. Parazitologický ústav, Entomologický ústav nebo Ústav experimentální botaniky. V roce 1962 se také definitivně zformoval samostatný Botanický ústav navazující na Geobotanickou laboratoř. Do 60. let tak již Československá akademie věd vstoupila s široce vybudovanou badatelskou strukturou pro vědy o živé přírodě, v níž působila celá řada špičkových vědců pracujících na nejvyšší mezinárodní úrovni. Přispěl k tomu jistě i rozvoj zahraničních kontaktů spojených i s velkými mezinárodními programy, jako byl např. IBP (Mezinárodní biologický program)., A key role was played in the Czechoslovak Academy by the system of research institutes. This part of the series deals primarily with the structure of these institutes and the changes they underwent, while focusing on the issues surrounding the integration of botanical research. After the launch of activities in 1953 at the Czechoslovak Academy of Sciences, only five independent departments operated at the Fourth Biological and Medical Section. This article follows the gradual development of these departments. The first increase in the number of academic institutions dealing with life sciences came in 1954. The next "big bang" and increase in the number of CSAS departments researching life sciences took place in 1962. Hence the Czechoslovak Academy of Sciences entered the 1960s with a broadly based research structure for life sciences, in which numerous top scientists operating at the highest international standard were working. This was also surely facilitated by the development of foreign contacts associated with large international projects, such as IBP (International Biological Programme)., and Martin Franc.