Patočkův vztah k Masarykovi byl od mládí utvářen jeho otcem: TGM byl Josefu Patočkovi intelektuální autoritou mj. v problematice umělecké výchovy na školách. Masaryk bude procházet publicistikou i samostatnými studiemi Jana Patočky celoživotně, bez ohledu na přízeň či nepřízeň režimů. Při Patočkově návštěvě ve Freiburku o vánocích 1934 vzpomínal Husserl na své někdejší přátelství s Masarykem, rovněž odchovancem filosofie Franze Brentana. V souvislosti s pražskými přednáškami Patočka srovnává Husserla a Masaryka „v čase krize“ v revui Kvart 1936. V chmurném roce 1939 je Masaryk Patočkovi součástí povzbudivého duchovního fondu „české vzdělanosti v Evropě“. K Masarykovi a jeho „humanitní ideji“ se Patočka ohlíží za války i po ní, vstříc náporu totalitních ideologií. Dvě studie o Masarykovi, vydané v r. 1977 v samizdatu, budou poslední prací dokončenou za Patočkova života.
Po vyhazovu z filosofické fakulty se Patočka v letech 1950–1953 uzavírá do badatelské klauzury v Ústavu T. G. Masaryka. Dnešní Masarykův ústav AV ČR dosud uchovává „popis práce“ badatele Jana Patočky: rešerše dokumentů o vztahu TGM ke slovanskému světu do první světové války, o postoji k jihoslovanské otázce, k situaci v Bosně-Hercegovině. Zvláštní pozornost věnoval Patočka Masarykovu boji proti antisemitismu za tzv. hilsneriády. Vypracovaná studie zůstala za tehdejšího režimu bez šance na zveřejnění – vždyť oběti probíhajících politických procesů byly obviňovány ze zločinného sionistického spiknutí. V rámci „boje proti pozůstatkům masarykismu“ je v roce 1953 Ústav TGM převzat státem a v roce 1954 definitivně zrušen. Archiv a knihovna byly z větší části rozchváceny, zbytky zachované v základní knihovně ČSAV vráceny až po roce 1989 do dnešního Masarykova ústavu AV ČR.