Je předložena první část plánovaného souboru malých prací, určených pro tento časopis. Práce se týká věcí, podle našeho názoru důležitých pro analytickou kvalitu v klinické laboratoři. Celý soubor prací se bude zabývat tématy metrologie (charakteru předmětů měření), statistikou, vnitřní kontrolou kvality, externím hodnocením kvality a kritickými postřehy v uvedených oblastech. Příspěvky jsou napsány s maximální snahou po jednoduchosti podle konceptu ASAP-„as simple as possible“. V prvním příspěvku byl aplikován tento přístup pro odvození požadavků na analytickou kvalitu z hodnot biologických variabilit: je diskutována situace při měření koncentrace Na v krevním séru. Analytická kvalita tohoto měření je akceptovatelná, pokud dlouhodobě sledované výsledky vykazují stabilitu v rozmezí 1 %. Této stability je možné dosáhnout., This is the first article in a series of small, „loose“ contributions to this journal. The articles touch, what we think, is important about analytical quality in the medical laboratory The articles will address topics such as metrology (philosophy of the measurand), statistics, internal quality control (IQC), external quality assessment (EQA), critiques to the discipline. All contributions follow the ASAP-concept, meaning As Simple As Possible. Here, we explore the „ASAP“ concept for analytical quality specifications derived from biological variation. The application of the concept results for the great majority of the mainstream serum-, plasma-, and blood-analytes in CVa values within boundaries of 0.4 – 15 % and for Delta-SE within boundaries of 0.2 – 10 %. The take-home message is: analytical quality in the medical laboratory must NOT be viewed in absolute terms („a CVa of 2 % is good“), BUT in relative terms. A CVa of 2 % is good for S-cholesterol analysis, but NOT for S-Na analysis!, Stepman H., Stöckl D., and Literatura 11
V základním vyjádření je statistická síla pravděpodobnost dosažení statistické významnosti. Tři faktory (effect-size – velikost zamýšleného efektu), α, n), spolu se statistickou silou, tvoří uzavřený systém – pokud jsou všechny tři ustaveny, je tím zároveň i kompletně určen čtvrtý. Cílem silové analýzy je najít vhodnou rovnováhu mezi těmito faktory při zohlednění podstatných cílů studie. Ilustrujeme význam role velikosti zamýšleného efektu, α, a n na síle jednostranného F-testu, abychom poskytli celkový obrázek o pojetí konceptu statistické síly (testu)., In very basic terms, statistical power is the likelihood of achieving statistical significance. Three factors (effect-size, α, n), together with power, form a closed system – once any three are established, the fourth is completely determined. The goal of a power analysis is to find an appropriate balance among these factors by taking into account the substantive goals of a study. We exemplify the role of effect-size, α, and n on the power of a 1-sided F-test and give a general illustration of the power concept., Stepman H., Stöckl D., and Literatura 8
Protože téma tohoto eseje je často považováno za nudné, uvádíme zde tři milé osoby, které můžeme také využít i v případě pozdějších esejů. Jsou to zvědavý laik, „vševědoucí“ klinický biochemik, a sekretářka bez fantazie. Zatímco koncept pojmu měřené veličiny se zdá být snadný, vědní obor má překvapivě odlišné názory o některých konkrétních měřených veličinách. To platí obecně zejména při měření složek směsí. Nicméně jednotkou pro analýzu směsi by měl být mol a testy by měly měřit v poměru molů klinicky významného obsahu., Because the topic of this essay is often considered boring, we introduce here 3 friendly people who we may also use in later essays. They are the curious layperson, the “All-Knowing” Clinical Biochemist, and the “earth-bound” secretary. While the concept of the measurand seems to be easy, the discipline has surprisingly different opinions about certain specific measurands. This holds true, in particular, for what concerns the measurement of component mixtures. Nevertheless, the unit for mixture analysis should be mol and tests should measure equimolar to the medically relevant extent., Stepman H., Stöckl D., and Literatura 6
Tato práce vysvětluje základy vnitřní kontroly kvality v kostce. V prvé řadě je IQC nezbytnou součástí získání spolehlivého výsledku měření pacientských vzorků. Vytvoření účinné IQC strategie vyžaduje základní statistické znalosti (průměr, směrodatná odchylka a jejich intervaly spolehlivosti). K tomu jsou také potřebné základní znalosti o silových funkcích. Výběr IQCpravidel je vždy kompromisem mezi danou schopností systému detekovat chyby a pravděpodobností falešného zamítnutí. Použití konceptu přípustné celkové chyby může být užitečné při rozhodování o nejúčinnějších kontrolních pravidlech pro daný konkrétní analyt. To však vyžaduje též základní znalosti o analytických požadavcích na kvalitu. Praktické faktory však mohou někdy vést laboratoř k odchylkám od ideálního IQC konceptu: i) použití a práce s „nevhodným“ průměrem, protože je souběžně kontrolováno několik systémů / modulů pro stanovení téhož analytu, ii) použití a práce s „nevhodnou“ směrodatnou odchylkou, protože se musí zohlednit a respektovat variabilita mezi jednotlivými šaržemi. V práci jsou prezentovány běžné problémy spojené s těmito postupy. Tyto postupy mohou být i užitečné pro aplikování pacientských percentilů jako nástroje provádění IQC., This essay tries to put the very basics of internal quality control (IQC) into a nutshell. First, IQC is a necessary part for obtaining a valid result for a patients’ specimen. Establishing an effective IQC strategy requires basic statistical knowledge (mean, standard deviation and their confidence intervals). It also requires basic knowledge of power functions. The selection of an IQC-rule is always a compromise between power for error detection and probability of false reactions. Application of the allowable total error concept may be helpful in deciding about the most effective control rule for a specific analyte. This, however, requires decent knowledge about establishing analytical quality specifications. Practical considerations may lead the laboratory to deviate from the ideal IQC concept: i) working with the „wrong“ mean because several systems/modules have to be controlled for an analyte; ii) working with the „wrong“ standard deviation because lot-to-lot variation needs to be accommodated. Common problems associated with those practices are presented. It may be useful to add monitoring of patient percentiles to IQC monitoring., Stepman H., Stöckl D., and Literatura 3
Úvod: Výsledky poskytované chirurgické péče v širším přesahu jsou obtížně dosažitelné. Práce testovala systém účtování zdravotní pojišťovně z hlediska využitelnosti dat. Metoda: Analyzováno bylo 6879 operací tříselné kýly v období 2008–2015. Využit byl systém účtování v DRG Vojenské zdravotní pojišťovny České republiky. Výsledky: Operace provedlo 156 pracovišť. V režimu jednodenní chirurgie bylo provedeno 3,8 % (248) výkonů, z toho 77 % (193) bylo operováno laparoskopicky. Za hospitalizace bylo provedeno 96,2 % (6631) výkonů, medián délky hospitalizace byl 4 dny. U hospitalizovaných pacientů byla otevřená plastika bez síťky provedena v 36,54 % (2423), otevřená plastika se síťkou v 19,84 % (1316), laparoskopická plastika v 43,61 % (2892). Reoperace pro recidivu v souboru byla v 1,85 % (127), po otevřené plastice bez síťky v 2,76 % (66), po otevřené plastice se síťkou v 1,66 % (22), po laparoskopické plastice v 1,19 % (37). Predikce recidiv do 5 let byla 2,42 % celkem. Hodnoceny byly i další parametry. Závěr: Studie potvrdila využitelnost systému pojištění k získání relevantních dat o léčbě vybrané diagnózy., Introduction: Information about actual results of provided surgical care is difficult to obtain. We tested the insurance company billing system in terms of data usability. Methods: 6,879 groin hernia surgeries carried out from 2008 to 2015 were analysed using registry data of one health insurance company. Results: Groin hernia surgeries were performed by 156 providers in the Czech Republic. Day surgeries were used in 3.8% cases (248), of which laparoscopic surgeries were used in 77% (193) of patients. The other 96.2% (6,631) surgeries were carried out on inpatients with the median hospital stay of 4 days. Of this number: open procedures without the use of a mesh were done in 36.54% (2,423), open procedures using a mesh in 19.84% (1,316), and laparoscopic procedures in 43.61% (2,892) cases. Reoperations for recurrence after hernia repair were done in 1.85% (127) of all cases, while 2.76% (66) reoperations were done after open procedures without the use of a mesh, 1.66% (22) after open procedures using a mesh, and 1.19% (37) after laparoscopic surgeries. The prediction rate for recurrent hernia incidence within 5 years was 2.42% in all cases. Others parameters were also evaluated. Conclusion: The study confirmed usefulness of the DRG data registry of health insurance companies for obtaining relevant information on the surgical procedures., and P. Chmátal, L. Tuka, D. Jandová
Cíl studie: Plynová chromatografie se v diagnostice užívá pro speciální stanovení, například profilu organických kyselin v moči nebo séru. Tato metoda ovšem umožňuje, zejména pak ve svém dvojdimenzionálním uspořádání (GC×GC), mnohem ucelenější pohled na vybraný biologický materiál. Cílem práce bylo vyvinout postup pro komplexní analýzu biologického materiálu. Typ studie: Vývoj analytické metody Název a sídlo pracoviště: Laboratoř dědičných metabolických poruch, Fakultní nemocnice, Olomouc Materiál a metody: Analýzy byly provedeny na GC×GC (Agilent 7890) spojeném s průletovým hmotnostním analyzátorem (TOF MS) (LECO Pegasus 4D). Automatické zpracování dat bylo provedeno programem ChromaTOF (LECO) za použití „reference.“ Výsledky: V této studii byla vytvořena tzv. reference metabolitů, obsahující zejména organické kyseliny, aminokyseliny a látky podobné povahy, které byly derivatizovány dvěma postupy – silylací nebo alkylací methylchloroformiátem. Aplikací reference na naměřené vzorky bylo možno identifikovat (shoda 733–999) více než 100 analytů v každém vzorku. Závěry: GC×GC-TOF je vhodná metoda pro metabolomickou analýzu mnoha biologických matricí a může být také uplatněna v diagnostice metabolických onemocnění. Zpracování dat lze plně automatizovat., Objective: Gas chromatography is used in diagnostics mostly for special analyses e.g. organic acids profiling in urine or serum. But this method enables, especially in two-dimensional version (GC×GC), more comprehensive view on selected biological material. The aim of this work was to develop a method for complex analysis of biological material. Design: Analytical method development Settings: Laboratory for Inherited Metabolic Disorders, Palacky University and University Hospital, Olomouc Material and methods: Analyses were performed on GC×GC (Agilent 7890) coupled with time-of-flight mass analyzer (TOF MS) (LECO Pegasus 4D). An automated data processing was performed by the ChromaTOF software (LECO) using “reference” tool. Results: In this study, the list of metabolites was created. It covers predominantly organic acids, amino acids, sugars, and similar – silylated or alkylated via methylchloroformiate. After applying the reference we were able to identify (spectral matches of 733–999) more than 100 analytes in each sample. Conclusion: GC×GC-TOF is a valuable tool in metabolomic analysis of many biological matrices and enables also diagnosing metabolic disorders. Data processing can be fully automated., Wojtowicz P., Dostálová E., Adam T., and Literatura 2
Práce se zabývá statistickou analýzou cen léků v lékárnách okresu Kladno. Tato analýza byla provedena na modelové skupině 13 léků. Soustředila se zejména na rozdíly v cenách léků. Variační koeficient se pohyboval od 0,024 do 0,42. To ukazuje na velký rozdíl cen některých léků mezi lékárnami. Šetřením bylo dále prokázáno, že existuje závislost cen některých léků na umístění a bliž ší specifikaci lékáren kladenského ok re su. Statisticky významný rozdíl byl zjištěn mezi cenami léků v lékárnách umístěných v nákupních střediscích a mimo tato střediska (ve zdravotnických zařízeních, jinde). Vliv velikosti obce (Kladno – Slaný – ostatní) ani vzdálenosti od centra na ceny léků nebyl prokázán. Lékárníci kritizují systém jako příliš složitý a poukazují zejména na to, že mu pacienti nerozumí a nepřijímají ho., The paper deals with a statistical analysis of drug prices in pharmacies of the Kladno district. This analysis was carried out on a model set of 13 drugs. It was focused above all on differences in drug prices. The coefficient of variation varied between 0.024 and 0.42, which reflects large differences in prices of some drugs between pharmacies. The investigation has further shown that there is a dependency of prices of some drugs on the location and more detailed specification of pharmacies in the Kladno district. Statistically significant difference was proved between the prices in pharmacies within shopping malls, and outside them (in medical centres, elsewhere). Effects of the community size (Kladno – Slaný – other) and of the distance from the town centre were not established. Pharmacists criticize the system as too complicated and stress above all the fact that patients do not accept it., Martin Brhel, Vladimír Rogalewicz, and Lit.: 5
Cíl studie: Analýza erytrocytárních nukleotidů je využívána k diagnostice defektů záchranných cest purinového metabolismu. Cílem této práce je objasnit, zda je toto vyšetření použitelné také v diagnostice defektů druhé poloviny purinové de novo syntézy (PDNS). Ke studiu membránového transportu a následné biotransformace byly použity defosforylované meziprodukty druhé poloviny PDNS. Materiál a metody: Patofyziologická situace u pacientů trpících deficity PDNS byla simulována inkubací nativních erytrocytů, erytrocytárních membrán a lyzovaných erytrocytů s defosforylovanými meziprodukty druhé poloviny PDNS: 5-aminoimidazolribosid (AIr), 5-amino-4-imidazolkarboxribosid (CAIr), 5-amino-4-imidazolsukcinokarboxamidribosid (SAICAr), 5-formamido-4-karboxamidribosid (FAICAr) a 5-amino-4-imidazolkarboxamidribosid (AICAr). Tyto sloučeniny byly chemicky syntetizovány a použity jako standardní látky. Inkubační směsi byly analyzovány pomocí kapilární elektroforézy s UV detekcí pomocí tří separačních systémů, které dovolují analyzovat ribosidy i ribotidy. Výsledky: Jen dva ze studovaných ribosidů (AICAr, FAICAr) prostoupily membránou erytrocytu v detekovatelném množství. Pouze AICAr je vhodným substrátem erytrocytárních kináz a je konvertován na odpovídající mono-, di- a trifosfáty. Závěr: Výsledky ukazují, že analýza erytrocytů je použitelná pouze pro diagnostiku defektu bifunkčního enzymu AICAR- -transformylázy/IMP-cyklohydrolázy., Objective: Analysis of erythrocyte nucleotides is useful for diagnosing defects in purine salvage pathways. The aim of this work was to elucidate whether the investigation could be used in diagnosing defects of a second part purine de novo synthesis (PDNS). Dephosphorylated intermediates of the second part of PDNS (aminoimidazoleribosides) were used for membrane transport and biotransformation study. Material and Methods: Pathophysiological situation in patients suffering from defects of PDNS was simulated by incubation of native erythrocytes, erythrocyte membranes and erythrocyte lysates with dephosphorylated intermediates of second part of PDNS: 5-amino-4-imidazoleriboside (AIr), 5-amino-4-imidazolecarboxyriboside (CAIr), 5-amino-4- -imidazolesuccinocarboxamideriboside (SAICAr), 5-formylamino-4-imidazolecarboxamideriboside (FAICAr) a 5-amino- -4-imidazolecarboxamideriboside (AICAr). The compounds were synthesized and taken as standard compounds. Incubation mixtures were analyzed by capillary electrophoresis using three separation systems allowing analysis of both ribosides and ribotides. Results: Two of all studied ribosides (AICAr a FAICAr) were able to permeate through the erythrocyte membrane in detectable amounts. AICAr is an acceptable substrate for erythrocyte kinases and is converted to mono-, di- and triphosphates. Conclusions: The results suggest that erythrocytes are only useful for diagnosing AICAR-transformylase/IMPcyclohydrolase deficiency., Petra Vyskočilová, Hana Kuchyňová, Lenka Opluštilová, David Friedecký, Petr Horník, Kateřina Adamová, Tomáš Adam, and Lit.: 7
Cíl studie: Vytvoření stratifikačního modelu s cílem identifikace vysoce rizikových osob s MGUS, u kterých bude možno zvažovat včasnou léčebnou intervenci. Typ studie: Retrospektivní studie Název a sídlo pracoviště: Interní hematoonkologická klinika, FN Brno - PMDV, Brno Materiál a metody: Na souboru 314 osob s MGUS zařazených do Registru monoklonálních gamapatií (RMG) byla provedena pilotní statistická analýza. Byla využita základní klinická data se zaměřením na prognostické parametry stávající (typ monoklonálního proteinu - MIG, hladina MIG, poměr sérových volných lehkých řetězců – FLC ratio) i nové (přítomnost cytogenetických aberací, flowcytometrické stanovení množství klonálních plazmocytů a přítomnost imunoparézy). Výsledky: Vyšší zastoupení morfologicky identifikovaných plazmocytů a nález >95 % PC aberantního fenotypu CD19- CD56+/- se statisticky významně častěji pojí s transformací MGUS do MM (p<0,05). Také přítomnost jakékoliv imunoparézy či imunoparézy postihující oba nepostižené imunoglobuliny byla statisticky významně častěji detekována u transformací MGUS do MM (p=0,001). První analýza stávajících a nových prognostických faktorů u MGUS dosáhla senzitivity stratifikace cca 50 % během 2 let. Závěr: Byl potvrzen význam hodnocení PC pomocí morfologie a průtokové cytometrie a důležitou úlohu hraje také přítomnost imunoparézy. Stratifikační modely budou dále vylepšovány s cílem dosažení senzitivity 90 % v rámci 2 let a obdobná analýza bude provedena také u asymptomatických myelomů (aMM)., Objective: The creation of the stratification model and identification of high-risk individuals with MGUS, which should be considered to an early therapeutic intervention. Design: The retrospective study Settings: Department of Internal medicine - Hematooncology, University Hospital Brno Material and Methods: The pilot statistical analysis of 314 MGUS subjects from Registry of Monoclonal Gammopathies (RMG) was done. Basic clinical data were used together with existing (type of monoclonal protein - MIG, level of MIG, serum free light chain ratio – FLC ratio) and new prognostic parameters (presence of cytogenetic abnormalities, flow cytometry enumeration of clonal plasma cells and presence of immunoparesis). Results: Higher number of plasma cells according to the morphology and presence of >95 % PC with aberrant phenotype CD19-CD56+/- as well were more frequently associated with transformation of MGUS into MM (p<0.05). Also, the presence of any immunoparesis and/or immunoparesis affecting both uninvolved immunoglobulins was more frequently detected in transformed MGUS (p=0.001). The first analysis of existing and new prognostic factors in MGUS achieved sensitivity of the stratification about 50 % within 2 years. Conclusion: The significance of morphological and flow cytometry assessment of PCs was confirmed and presence of the immunoparesis plays an important role as well. Model of stratification will be further developed with the aim of achieving 90 % sensitivity within 2 years and a similar analysis will be performed also for asymptomatic multiple myeloma (aMM)., Říhová L., Sandecká V., Klincová M., Varmužová T., Suská R., Zarbochová P., Mikulášová A., Smetana J., Grešliková H., Kupská R., Němec P., Bartoňová J., Kuglík P., Penka M., Hájek R., and Literatura 24