Mathematical modelling is shown as an efficient tool for studying the behaviour of reservoir ecosystems. Two mathematical models, namely ASTER and DYRESM-WQ and their characteristic features are described. The parameters of both models and their values used for simulation of reservoir Rimov are presented. Sensitivity analysis for both models was performed in the scope to demonstrate the sensitivity of simulation results to the parameter changes. The simulation results were compared to the measurements in situ with satisfying accuracy. The suitability of application of both models on the food web simulation of valley reservoirs is discussed. and Článek ukazuje matematické modelování jako účinný prostředek pro studium chování ekosystémů údolních nádrží. Popisuje dva matematické modely, a to ASTER a DYRESM-WQ, a jejich charakteristické rysy. Podrobně jsou ukázány parametry obou modelů a rovněž jejich hodnoty, jichž bylo použito k simulaci údolní nádrže Římov. Pomocí citlivostní analýzy byla zjištěna u obou modelů velikost odezvy systému na změny některých parametrů. Porovnání výsledků simulací s hodnotami naměřenými v nádrži ukazuje dostatečnou přesnost matematického modelování. V závěru je diskutována vhodnost použití matematického modelování pro simulaci potravního řetězce v údolních nádržích.