Hydrological models are widely used tools to solve a broad range of hydrological issues. Each model has its own structure defining inter-relationships of hydrological balance components, and comparative differences in the models’ inner structure must be taken into account when discrepancies result from the same data. Results of base flow simulation by three different models BILAN, FRIER and HBV-light were compared based on knowledge of the models’ internal structure. It was proven that the courses of modelled parameters are quite similar, but that the respective values differ. The highest base flow values were simulated by the BILAN model, due to the threshold value of the soil moisture storage incorporated within this model’s structure. The lowest values were obtained by HBV-light model. Simulated base flow values were compared with groundwater heads and minimum monthly discharges. This comparison showed that the base flow values in the Nitra catchment at Nedožery profile simulated by BILAN and FRIER models are closer to the reality than those, simulated by HBV-light model. and Hydrologické modely sú nástrojmi, často využívanými pri riešení širokého spektra hydrologických problémov. Každý z modelov má svoju vlastnú štruktúru, definujúcu vzájomné vzťahy prvkov hydrologickej bilancie. Preto musí byť pri posudzovaní rozdielnych výsledkov získaných použitím tých istých vstupných dát brané do úvahy porovnanie rozdielov vo vnútornej štruktúre modelov. V príspevku boli porovnávané výsledky simulácie podzemného odtoku tromi rozličnými modelmi BILAN, FRIER a HBV-light, berúc do úvahy znalosti o vnútornej štruktúre jednotlivých modelov. Bolo dokumentované, že priebehy modelovaných parametrov sú veľmi podobné, no získané hodnoty sa líšia. Najvyššie hodnoty podzemného odtoku boli simulované modelom BILAN, v dôsledku faktu, že v modeli je zabudovaná pevná limitná hodnota pre veľkosť zásoby vody v pôde. Najnižšie hodnoty podzemného odtoku boli získané modelom HBV-light. Simulované hodnoty podzemného odtoku boli porovnané s priebehom úrovne hladiny podzemnej vody a s minimálnymi mesačnými prietokmi. Toto porovnanie ukázalo, že hodnoty podzemného odtoku v povodí Nitry po profil Nedožery simulované modelmi BILAN a FRIER sú bližšie k reálnemu stavu než hodnoty simulované modelom HBV-light.