The aim of this paper is to investigate the influence of COM (Cellular Organic Matter) produced by Microcystis aeruginosa on the process of water purification by destabilisation and subsequent aggregation of the impurity particles. The research was carried out with a raw water into which COM was added. The removal efficiency of the most significant components of COM, i.e. polysaccharides and proteins, was investigated. It was found that the removal efficiency of polysaccharides and proteins was dependent on the reaction conditions (pH, type of destabilisation reagent and its dosage). The removal efficiency of COM was relatively low. It was about 46% and 41% using ferric sulphate and aluminium sulphate aggregation, respectively. In comparison to the other organic components of COM, mainly polysaccharides, the proteins are removed with a higher efficiency. The GPC analyses of the residual COM showed that the proteins of higher molecular weight were aggregated with a higher efficiency. and Cílem práce je opis vlivu buněčných organických látek (COM) produkovaných sinicí Microcystis aeruginosa na proces úpravy vody pomocí destabilizace a následné agregace znečišťujících příměsí. Výzkum byl uskutečňován se syntetickou surovou vodou, do které byly přidány COM získané laboratorní kultivací M. aeruginosa. V průběhu laboratorních testů byla sledována především účinnost odstranění dvou základních složek COM, tj. polysacharidů a proteinů. Bylo zjištěno, že tato účinnost závisí především na reakčních podmínkách (typu a dávce destabilizačního činidla a pH). Účinnost odstranění COM byla poměrně nízká, maximální dosažená účinnost byla 46% při destabilizaci pomocí síranu železitého a 41% při použití síranu hlinitého. Bylo zjištěno, že s vyšší účinností jsou odstraňovány proteiny, obzvláště pak proteiny s vyšší molekulovou hmotností.