The study introduces problems of the reservoirs operative control in the course of flood situations and investigates possibilities of computer use for the automation of the decision-making process. The solution is based on the modern control theory of dynamic systems. It explains the basic types of application of the controllers in the control systems; at the same time, certain bounds of the exploitation automatic control in extreme hydrological situations are analysed. In the application part, the study presents the impacts of different flood protection measures on synthetic flood waves with a 100-year peak flow in the Lipno Reservoir on the upper Vltava River. The possibilities of the increase of the flood protection storage in the reservoir are also analysed here. and Studie uvádí do problematiky operativního řízení nádrží v povodňových situacích a zkoumá možnosti využití počítačů pro automatizaci rozhodovacího procesu. Vychází z moderní teorie řízení dynamických systémů a popisuje základní typy regulátorů. Současně jsou analyzovány meze jejich využití v extrémních situacích. V aplikační části se řeší dopady protipovodňových opatření na transformaci 100-letých syntetických povodňových vln v profilu přehrady Lipno na horní Vltavě a posuzuje se možnost zvětšení jejího ochranného prostoru.