This article describes the data processing obtained by the AFM using the programming language and software Matlab. The basic examples are scripts for two-dimensional and three-dimensional surface structure, histogram of heights and S parameters. However, these examples can be applied to other SPM methods. The benefits of such usage over the original software from microscope are almost unlimited possibilities of processing with the data obtained. and Článek popisuje zpracování dat pořízených metodou AFM za využití programovacího jazyka a nástroje Matlab. Jako základní příklady jsou uvedeny kódy pro dvoj a trojrozměrné zobrazení struktury povrchu, histogramu výšek a S parametrů. Uvedené příklady však lze aplikovat i na jiné SPM metody. Výhodou takového zpracování oproti softwaru dodaného k mikroskopu pak je naprostá volnost práce se získanými daty.