Základní charakteristiku, tj. duální charakter lišejníků jako asociace houby a řasy či sinice, odhalil poměrně pozdě – až ve druhé polovině 19. stol. – Simon Schwendener. Tato představa však byla pro většinu tehdejších lichenologů natolik revoluční, že ji nepřijali a ostře proti ní vystupovaly i největší autority (např. W. Nylander, G. W. Koerber). Samotné označení skupiny lichenizovaných hub jako lišejníky se ale používalo už od starověku (latinsky Lichenes). Původ slova je zřejmě v řeckém leichen (bradavice, vyrážka), v moderní řečtině má slovo leichen dva významy – lišejník a herpes. Shodný kořen se uplatňuje i v češtině – lišej. Sice řecký původ latinského slova lichen není úplně jasný – může pocházet i ze slova leicho (lížu), podobný původ má také slovo lektvar, tedy lék určený k vylizování. Pravděpodobnější je ale první verze – lišejník se tedy asi původně opisoval jako lišej kůže (kůry) stromu. Tuto domněnku by mohlo podporovat i užití lišejníků v medicíně – mohou jak různá onemocnění (též kožní) léčit, tak i různé lišeje způsobovat. and Expressions for lichens in various languages and their roots are given. The origin of many Czech common names of lichen species dates back to the mid-19th century. The Czech lichen flora contains over 1500 species, about half of which have a Czech vernacular name. Moreover, many lichens have several Czech common names. The role of Czech names and the principles behind their selection for further use are discussed.