Expression quantitative trait loci (eQTL) analyses were applied in order to identify genetic factors that are relevant to the expression of a β-isoform Rubisco activase gene in maize, namely ZmRCAβ, in this study. During two years, a maize recombinant inbred line population was measured for ZmRCAβ expression levels at the grain filling stage. Based on a genetic map containing 916 molecular markers, we detected five eQTLs, namely qRCA2.1 on chromosome 2, and qRCA4.1, qRCA4.2, qRCA4.3, and qRCA4.4 on chromosome 4. These eQTLs explained the phenotypic variation ranging from 6.14% to 7.50% with the logarithm of the odd values ranging from 3.11 to 4.96. Based on the position of the eQTLs and ZmRCAβ on the chromosome, qRCA4.2 was inferred as a cis-eQTL and the remaining as a trans-eQTL, suggesting that a combination of both cis- and trans-acting elements might control ZmRCAβ expression. qRCA4.2, qRCA4.3, and qRCA4.4 were repeatedly detected during two years., Q. Sun, Y. Zhang, B. Chen, B. Jia, Z. L. Zhang, M. Cui, X. Kan, H. B. Shi, D. X. Deng, Z. T. Yin., and Obsahuje bibliografii
Úvod: U osob středního a staršího věku může být nově diagnostikovaný diabetes mellitus (DM) již prvním symptomem karcinomu pankreatu (PC). Dostatečně citlivé markery PC stále chybí. MicroRNA (miRNA) hrají významnou roli v regulaci buněčné odpovědi. U karcinomů byly pozorovány významné změny v expresích jednotlivých miRNA. Cílem naší studie bylo porovnat exprese vytipovaných miRNA u pacientů s PC, DM a u kontrol. Metody: Do studie bylo zařazeno 74 pacientů s PC (42/32, s/bez DM), 29 pacientů s DM 2. typu a 17 zdravých kontrol. U 9 pacientů s PC byl následně tumor resekován. MicroRNA byla získána ze séra pacientů, u uvedených 9 pacientů s PC byla navíc doplněna kontrola 3 měsíce po operaci tumoru. V séru jsme stanovili expresi u 8 miRNA, které byly vytipovány v předchozí pilotní studii (miR-21, miR-30, miR-191, miR-192, miR-196, miR-200, miR-423, miR-454). Výsledky: Exprese všech 6 miRNA byly mezi skupinami signifikantně změněny. Nejvýznamnější rozdíl byl pozorován u miR-192, miR-21 a miR-200, které byly výrazně vyšší u pacientů s PC proti DM a kontrolám: miR-192: 1,6 (1,2–2,0) vs 0,3 (0,2–0,4) vs 0,3 (0,2–0,5), p < 0,00001; miR-21: 1,4 (1,2–1,7) vs 0,3 (0,2–0,5) vs 0,5 (0,4–0,7), p < 0,00001, miR-200: 1,6 (1,1–2,3) vs 0,3 (0,3–0,4) vs 0,3 (0,2–0,4), p < 0,00001. Mezi DM a kontrolami nebyl pozorován rozdíl, stejně tak nebylo možné odlišit uvnitř PC skupiny pacienty s diabetem a bez něho. Celkový rozdíl expresí miRNA u 9 pacientů po operaci pankreatu nebyl signifikantní v porovnání se stavem před operací. Byly však patrné významné interindividuální rozdíly. Závěr: Naše data ukazují, že miR-21, miR-192 a miR-200 by mohly být použity jako nové diagnostické markery karcinomu pankreatu. Sledování dynamiky těchto miRNA u pacientů po odstranění karcinomu by pak mohlo sloužit i jako prognostický marker. K posouzení, zda tyto markery bude možno použít jako časné markery v diagnostice karcinomu pankreatu, bude zapotřebí prospektivní studie u pacientů s nově diagnostikovaným diabetem., Introduction: Newly-onset diabetes mellitus (DM) in middle-aged and older people may be an early symptom of pancreatic cancer (PC). However, sensitive markers for PC are still missing. MicroRNAs (miRNAs) play an important role in a cell response regulation. Significant changes in miRNA expressions were observed in cancers. Our goal was to compare expressions of selected miRNAs in patients with PC, DM and controls. Methods: We enrolled 74 patients with PC (42/32, with/without DM), 29 type 2 diabetic patients and 17 controls. MicroRNA was determined in serum of all examined subjects. In 9 patients with PC the tumor was resected subsequently and after 3 months the measurements were repeated. We analyzed the expressions of 8 miRNAs that we had identified in a previous pilot study (miR-21, miR-30, miR-191, miR-192, miR-196, miR-200, miR-423, miR-454). Results: MicroRNA expressions were significantly higher in patients with PC than in DM and controls: miR-192: 1.6 (1.2 to 2.0) vs 0.3 (0.2–0.4) vs 0.3 (0.2 to 0.5), p < 0.00001; miR-21: 1.4 (1.2–1.7) vs 0.3 (0.2 to 0.5) vs 0.5 (from 0.4 to 0.7), p < 0.00001, miR-200: 1.6 (1.1 to 2.3) vs 0.3 (0.3–0.4) vs 0.3 (0.2 to 0.4), p < 0.00001. No difference was observed between DM and controls, as well as between diabetic and non-diabetic patients within the PC group. There were no significant differences in miRNA expressions in 9 patients after pancreatic surgery. But there were significant interindividual differences. Conclusion: Our data shows that miR-21, miR-192 and miR-200 could be used as new diagnostic markers for pancreatic cancer. A dynamics of these miRNAs could serve as a prognostic marker in patients after cancer removal. Futher prospective studies with newly-onset diabetic patients with no signs of malignancy will be needed to validate if suggested miRNAs could be used as early markers as well., and Pavel Škrha, Aleš Hořínek, Michal Anděl, Jan Škrha
Úvod: Cílem práce je posoudit význam CEA, EGFR a hTERT jako markerů okultních nádorových buněk v břišní laváži v predikci léčebných výsledků u adenokarcinomu pankreatu, včetně stanovení jejich cut-off hodnot. Metoda: Práce porovnává skupinu 87 pacientů operovaných pro duktální adenokarcinom pankreatu ve stadiu III - IV (UICC) u nichž byl proveden paliativní výkon (biliodigestivní spojka, odběr biologického materiálu pro následnou onkologickou léčbu) s kontrolní skupinou 24 pacientů. U všech pacientů byly odebrány vzorky peritoneální laváže za použití 100 ml fyziologického roztoku (phosphate buffered saline, pH=7,2) do transportních lahví obsahujících 1,5 ml 0,5M EDTA a 10 ml fetálního bovinního séra. Celková RNA všech vzorků byla purifikována a zpracována procesem reverzní transkripce. Okultní nádorové buňky v peritoneální laváži byly detekovány RT-PCR metodou využitím CEA, EGFR a hTERT. Sekundárním cílem studie bylo stanovení cut-off hodnot exprese těchto markerů. Pro statistické analýzy byly použity softwary R (www.r-project.org) a Statistica (StatSoft, Inc., USA). Výsledky: Průměrná exprese CEA, EGFR a hTERT v peritoneální laváži kontrolní skupiny byla 2501, 716749, resp. 104 kopií mRNA/?g RNA. Prahové, cut-off hodnoty, byly stanoveny jako „průměr + 2x směrodatná odchylka“. Hodnoty absolutní exprese byly dále normalizovány na expresi house-keepingového genu glyceraldehdyd-3-fosfát dehydrogenázy (GAPDH). Cut-off hodnoty testovaných markerů po normalizaci byly 4,89; 115,88 resp. 0,02 kopií mRNA genu/kopií mRNA GAPDH. V případě absolutní exprese testovaných markerů, pouze hTERT dokáže statisticky významně (p <0,001) odlišit obě analyzované skupiny, kdy pacienti s pokročilým adenokarcinomem pankreatu mají vyšší hodnotu exprese hTERT. Absolutní exprese CEA ani EGFR nevykazovala statisticky signifikantní rozdíly mezi skupinou s pokročilým karcinomem pankreatu a kontrolní skupinou. Použitím přesnějších - normalizovaných hodnot exprese testovaných markerů byla prokázána statisticky významně vyšší exprese CEA a hTERT (p<0,005, resp. p<0,001) u pacientů s pokročilým adenokarcinomem pankreatu v porovnání s kontrolní skupinou. Závěr: Absolutní exprese hTERT v peritoneální laváži pacientů s pokročilým adenokarcinomem pankreatu byla signifikantně vyšší v porovnání s kontrolní skupinou. Naopak absolutní exprese CEA a EGFR nebyla signifikantně rozdílná., Introduction: The aim of this study is to assess the significance of CEA, EGFR and hTERT as markers of occult tumor cells for predicting treatment outcomes in pancreatic cancers, as well as determining the cut-off values of these markers individually in peritoneal lavage. Method: The study compared 87 patients undergoing palliative operations (bypass surgery, biological sampling for subsequent oncological treatment) for either stage III or IV (UICC) pancreatic ductal adenocarcinomas with a control group of 24 healthy patients. Abdominal cavity lavage was performed at the beginning of the surgery in both groups, using 100 ml of physiological solution (phosphate buffered saline, pH 7.2). The samples were transported in bottles containing 1.5 ml 0.5 M EDTA and 10 ml of fetal bovine serum. Total RNA samples were all processed and purified by reverse transcription. Occult tumor cells in the peritoneal lavage were detected by the real-time RT-PCR method using CEA, EGFR and hTERT as markers of tumor cells. Another aim was to calculate the cut-off values of these markers. Statistical analysis was done using software R (www.r-project.org) and Statistica (StatSoft, Inc. USA). Results: Mean expression of CEA, EGFR and hTERT in peritoneal lavage in the control group was 2501, 716749 and 104 copies of mRNA / mg RNA. Threshold, cut-off values were determined as the “mean + 2 times standard deviation”. Absolute expression values were further normalized to expression of the house-keeping gene glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH). After normalization, cut-off values of the tested markers were 4.89, 115.88 and 0.02 copies of mRNA/GAPDH mRNA. As regards absolute expression of the markers tested, only hTERT was able to statistically significantly (p<0.001) distinguish the analysed groups, where patients with advanced pancreatic adenocarcinoma had a higher expression of hTERT. Absolute expression of CEA or EGFR was not able to discriminate between the two groups. The more accurate normalized expression values of the test markers demonstrated a statistically significantly higher expression of hTERT (p<0.005) and CEA (p<0.001) in patients with advanced adenocarcinoma compared to the control group. Conclusion: Absolute hTERT expression in peritoneal lavage of patients with advanced pancreatic cancer was significantly higher compared to the control group., and M. Ghothim, J. Srovnal, L. Bébarová, J. Tesaříková, P. Skalický, D. Klos, A. Prokopová, M. Vahalíková, H. Slavík, J. Vrbková, Č. Neoral, R. Havlík, M. Hajdúch, M. Loveček