V r. 1975 vyšly samizdatové Kacířské eseje o filosofii dějin, Patočkovo vrcholné dílo, do něhož vyústilo jeho myšlení o dějinách. Dějiny Evropy začínají v demokratické řecké obci. Svobodní občané – ve vzmachu nad úroveň pouhé úživy – mezi možnostmi svého života hájí svobodu. Člověk se stává dějinnou bytostí, která „pečuje o duši“, o duši vlastní i o „duši obce“. Dějiny Evropy jsou dějinami „péče o duši“… Do společenství těch, kteří se starají o „duši obce“, vstupuje Patočka podpisem pod protest proti procesu s undergroundovými skupinami The Plastic People a DG 307. V lednu 1977 se stává spolu s Václavem Havlem a Jiřím Hájkem mluvčím občanské iniciativy Charta 77, která vyzývá komunistický režim k respektování lidských a občanských práv. Obhajobě těchto požadavků věnuje všechny své síly a několik dní po celodenním vyčerpávajícím výslechu Státní bezpečností dne 13. března 1977 umírá.
V komentáři ke Komenského Všeobecné poradě o nápravě věcí lidských (De rerum humanarum emendatione consultatio catholica) jako by do dobového ovzduší třicetileté války, Komenským bolestně prožívané, vtiskl Patočka své uvažování o dějinách. Rezonují tu křeče moderní společenské krize 20. století, obou válek srážejících Evropu na kolena i poválečné studené války a jejích horkých válek lokálních, znejisťujících soudobou „nadcivilizaci“… To vše v hlubokém porozumění Komenského „všenápravě“, která jediná – prostřednictvím vzdělanosti – vede člověka labyrintem světa „k sobě samému“. Vzdělancům nutno se k tomu spojovat napříč prostorem: v Komenského časech v „republice dopisů“ zasílaných křížem krážem Evropou – ve stoletích následujících v „republice vzdělanců“ sdílejících a zasazujících se o ideje kultury jakožto humanity, s nimiž Evropa stojí a padá.
Na počátku pozornosti Jana Patočky k osobnosti J. A. Komenského stojí Patočkův otec, Josef Patočka, profesionálně se zabývající školskou didaktikou. Patočka Jan záhy zkoumá Komenského z hlediska „duchovědného“, jako filosof zabývající se dějinami idejí. V Kritickém měsíčníku z roku 1941 to programově vyhlásil pod titulkem „O nový pohled na Komenského“. Na základě privátního studia pozdní renesance ohledává ve svých válečných rukopisech místo „na duchovně-dějinné mapě, na které Komenský skutečně patří“ – mezi osobnosti novověké vědy a vzdělanosti. Na komeniologických pracovištích v letech 50. bude Jan Patočka propracovávat filosofickou interpretaci Komenského, po zbytek života bude jedním z věhlasných světových komeniologů.
Patočkův vztah k Masarykovi byl od mládí utvářen jeho otcem: TGM byl Josefu Patočkovi intelektuální autoritou mj. v problematice umělecké výchovy na školách. Masaryk bude procházet publicistikou i samostatnými studiemi Jana Patočky celoživotně, bez ohledu na přízeň či nepřízeň režimů. Při Patočkově návštěvě ve Freiburku o vánocích 1934 vzpomínal Husserl na své někdejší přátelství s Masarykem, rovněž odchovancem filosofie Franze Brentana. V souvislosti s pražskými přednáškami Patočka srovnává Husserla a Masaryka „v čase krize“ v revui Kvart 1936. V chmurném roce 1939 je Masaryk Patočkovi součástí povzbudivého duchovního fondu „české vzdělanosti v Evropě“. K Masarykovi a jeho „humanitní ideji“ se Patočka ohlíží za války i po ní, vstříc náporu totalitních ideologií. Dvě studie o Masarykovi, vydané v r. 1977 v samizdatu, budou poslední prací dokončenou za Patočkova života.
Po vyhazovu z filosofické fakulty se Patočka v letech 1950–1953 uzavírá do badatelské klauzury v Ústavu T. G. Masaryka. Dnešní Masarykův ústav AV ČR dosud uchovává „popis práce“ badatele Jana Patočky: rešerše dokumentů o vztahu TGM ke slovanskému světu do první světové války, o postoji k jihoslovanské otázce, k situaci v Bosně-Hercegovině. Zvláštní pozornost věnoval Patočka Masarykovu boji proti antisemitismu za tzv. hilsneriády. Vypracovaná studie zůstala za tehdejšího režimu bez šance na zveřejnění – vždyť oběti probíhajících politických procesů byly obviňovány ze zločinného sionistického spiknutí. V rámci „boje proti pozůstatkům masarykismu“ je v roce 1953 Ústav TGM převzat státem a v roce 1954 definitivně zrušen. Archiv a knihovna byly z větší části rozchváceny, zbytky zachované v základní knihovně ČSAV vráceny až po roce 1989 do dnešního Masarykova ústavu AV ČR.