Cíl studie: Výsledek každé analýzy DNA je do značné míry závislý na typu biologického materiálu použitého pro extrakci nukleových kyselin. Cílem naší studie je porovnat vlastnosti DNA extraktů získaných dvěma různými izolačními postupy z buněk bukální sliznice, močového sedimentu, nehtů, vlasových kořínků a periferních krevních buněk. Materiál a metody: Biologické vzorky byly získány od 24 dobrovolníků s mediánem věku 31 let (25–54 let). Izolace DNA byla provedena fenol-chloroformovou extrakcí a pomocí separačních mikrokolonek (Qiagen). Eluční objem byl v obou případech 50 μl. Extrakty byly charakterizovány spektrofotometricky, fluorimetricky, elektroforeticky a z hlediska účinnosti následné PCR amplifikace. Výsledky: Nejvyšší koncentrace DNA obsahovaly extrakty z buněk periferní krve a bukální sliznice; nejnižší koncentrace DNA byly izolovány z vlasových kořínků. Všechny typy extraktů měly uspokojivou čistotu (mediány v rozmezí 1,7–1,9). Podíl nefragmentované DNA ve vzorcích získaných mikrokolonkovou metodou byl téměř dvojnásobný v porovnání s fenolovou extrakcí. Procentuální zastoupení nefragmentovaných molekul klesal podle biologického zdroje v následující řadě: krev (73,3 %) > bukální sliznice (63,5 %) > močový sediment (31,3 %) > nehty (25,3 %) > vlasy (20,4 %). Amplifikační účinnost u extraktů z periferní krve, bukálního stěru a močového sedimentu byla vyšší než u extraktů z nehtů a vlasů. Závěr: Všechny analyzované extrakty pocházející z krevních buněk, bukální sliznice, močového sedimentu, nehtů a vlasů poskytly dostatek DNA molekul k provedení molekulárně biologických vyšetření. Nejvhodnějšími materiály byly krevní buňky a buňky bukální sliznice. Z nich připravené extrakty měly nejvyšší koncentraci a čistotu DNA bez ohledu na použitou izolační metodu, nejnižší podíl degradované DNA a nejvyšší účinnost amplifikace krátkých i dlouhých amplikonů., Objective: Results of DNA testing depend in many cases on the type of biological material used for extraction of nucleic acids. The aim of the study is to compare properties of DNA extracts prepared using two different isolation procedures from buccal cells, urine sediment, nails, hair roots, and peripheral blood cells. Material and Methods: Biological material was collected from 24 volunteers at median age of 31 years (range 25–54 years). Phenol–chloroform extraction and spin microcolumn extraction method (Qiagen) were used for DNA isolation. In both the procedures, the elution volume was 50 μl. The extracts were characterized optically (UV spectrophotometric and fluorimetric analyses), electrophoretically, and by PCR amplification efficiency. Results: The highest DNA concentrations were found in extracts from peripheral blood and buccal cells; the lowest DNA concentrations were in hair extracts. All types of the extracts had acceptable purity (medians 1.7–1.9). The content of nonfragmented DNA molecules in the microcolumns extracts was almost twofold higher in comparison to the phenol ones. The percentages of non-fragmented DNA decreased as follows: blood (73.3 %) > buccal cells (63.5 %) > urine sediment (31.3 %) > nails (25.3 %) > hair roots (20.4 %). The amplification efficiency in the peripheral blood, buccal swab, and urine extracts was significantly higher than in the nail and hair extracts. Conclusion: All analyzed DNA extracts received from blood, buccal cells, urine sediment, nails, and hair roots provided a sufficient number of integral DNA molecules for following DNA testing. The best quality of DNA was found in extracts from blood and buccal cells (high concentrations and purity, low degree of fragmentation, and high efficiency of amplification for either short or long PCR amplicons)., Beránek M., Hegerová J., Drastíková M., and Literatura 25
Úvod: Cieľom retrospektívnej observačnej prierezovej štúdie bolo zhodnotiť prínos testovania alanínaminotransferázy (ALT) u darcov krvi a jej komponentov v prevencii prenosu hepatitíd B a C hemoterapiou v kontexte súčasných skríningových metód. Metódy: Vyhodnotené boli odbery s eleváciou ALT nad stanovený limit (muži 80 IU/l, ženy 64 IU/l, spektrofotometrický UV test, KUADROTM, BPC BioSed Srt, Castelnuovo di Porto Roma, Italia) alebo reaktivitou niektorého z virologických parametrov hepatitíd HBsAg, anti-HBc, anti-HCV (chemiluminiscenčná metóda, ARCHITECT i2000TM, Illinois, USA). Darcovia boli konfirmačne pretestovaní. Na základe definitívneho virologického statusu boli odbery rozdelené na skupiny so spoločnými biologickými vlastnosťami a štatisticky vyhodnotené v programoch Graph Pad Prism 6.05 a Microsoft Excel 2003. Výsledky: Zo 61 214 odberov sa elevácia ALT vyskytla u 420 odberov (0,69 %), aktívna HBV infekcia u 25 (0,04 %), aktívna HCV infekcia u 5 darcov krvi (0,01 %). Súčasná elevácia ALT a potvrdená HBV infekcia sa vyskytla u jedného darcu (0,002 %), rovnako ako HCV (0,002 %). Hodnoty ALT v skupine s jej eleváciou bez prítomnosti HBV alebo HCV infekcie boli vyššie ako v skupinách s aktívnymi hepatitídami B a C (p < 0,05). Nezachytili sme darcu krvi v sérologickom okne anti-HCV s eleváciou ALT. Elevácia ALT vykazovala nízku špecificitu (69,14 %) aj senzitivitu (6,45 %) pre aktívne hepatitídy. Nedokázali sme kladnú koreláciu medzi ALT a S/CO (signal-to-cut-off) anti-HBc (Spearman r = -0,565, p < 0,0001), ALT a S/CO anti-HCV (Spearman r = -0,1046, p = 0,0022), výsledok pri ALT a S/CO HBsAg nedosiahol štatistickú významnosť (Spearman r = -0,00968, p = 0,77). Kladná ale štatisticky nevýznamná korelácia ALT a anti-HCV bola zaznamenaná v skupine 5 darcov s aktívnou HCV infekciou (Spearman r = 0,4, p = 0,51). Skríningová schéma pre záchyt HCV infekcie anti-HCV + ALT bola na 1 odber o 0,18 € drahšia ako schéma anti-HCV + HCV RNA pre veľký počet znehodnotených odberov s izolovanou eleváciou ALT (825 TU v hodnote 41 388,89 €). Záver: Elevácia ALT u darcov nebola patognomická pre hepatitídy B a C. Skríningová schéma HCV v zložení anti-HCV + HCV RNA (metóda testovania nukleových kyselín, COBAS AmpliScreen HCV 2.0TM, ROCHE Diagnostics, Hague Road, Indianapolis, USA) je viac cost-efektívna ako anti-HCV + ALT. Kľúčové slová: alanínaminotransferáza – hemovigilancia – hepatitída B – hepatitída C – skríning, Background: The goal of the retrospective observatory cross-sectional study was to evaluate the benefit of alanine aminotransferase screening of blood donors in prevention of hepatitis B and C transmission by haemotherapy in context of actual screening methods. Methods: Donations with elevated ALT more than the defined limit (ALT men 80 IU/l, women 64 IU/l, spectrophotometric UV test, KUADROTM, BPC BioSed Srt, Castelnuovo di Porto Roma, Italy) and/or reactivity any of the hepatitis screening parameters HBsAg, anti-HBc, anti-HCV (chemiluminescence method, ARCHITECT i2000TM, Illinois, USA) were evaluated. Donors were confirmatory retested. They were classified into groups with common biological properties according to their final virological status and statistically evaluated in programs Graph Pad Prism 6.05 and Microsoft Excel 2003. Results: From a total of 61 214 donations elevated ALT was found in 420 (0.69 %), active HBV in 25 (0.04 %), active HCV infection in 5 (0.01 %) blood donors. Coincidental elevation of ALT and active HBV infection occured in 1 donor (0.002 %), as well as HCV (0.002 %). Levels of ALT were higher in the group with elevated ALT without active HBV or HCV infection than in groups with active HCV and HCV infection (p < 0.05). Occurence of blood donor in seronegative anti-HCV window was not observed. Elevated ALT was low specific (69.14 %) and senzitive (6.45 %) for active hepatitis. We did not prove positive correlation of ALT and S/CO (signal-to-cut-off) anti-HBc (Spearman r = -0,565, p < 0.0001), ALT and S/CO anti-HCV (Spearman r = -0.1046, p = 0.0022), in ALT and S/CO HBsAg the result was not statistically significant (Spearman r = -0.00968, p = 0.77). Positive but statistically insignificant correlation ALT and S/CO anti-HCV occured in the group of 5 blood donors with active HCV infection (Spearman r = 0.4, p = 0.51). Screening scheme for HCV infection testing anti-HCV + ALT was per one donation by € 0.18 more expensive than the scheme anti-HCV + HCV RNA due to amount of waisted donations with ALT elevation (825 TU, € 41 388.89). Conclusion: Elevation of ALT in blood donors was not pathognomonic for hepatitis B and C infection. Screening of HCV consisting of anti-HCV + HCV RNA (nucleic acid testing method, COBAS AmpliScreen HCV 2.0TM, ROCHE Diagnostics, Hague Road, Indianapolis, USA) is more cost-effective than the scheme anti-HCV + ALT. Keywords: alanine aminotransferase – haemovigilance – hepatitis B – hepatitis C – screening, and Katarína Kusendová, Peter Gavorník, Peter Sabaka, Klára Sviteková