Myeloproliferativní neoplázie (MPN) představují skupinu klonálních onemocnění hematopoetické kmenové buňky s fenotypickými změnami, které jsou důsledkem zvýšené myeloidní proliferace se zachovanou maturací a akumulací myeloidních buněk v periferní krvi: leukocytózou, trombocytózou a zvýšeným počtem červených krvinek nebo různou kombinací proliferace jednotlivých buněčných linií. Cytogenetické analýzy odhalily opakující se chromozomové změny u 5–45 % nemocných, ale specifická chromozomová změna zatím nebyla nalezena. K častým chromozomovým změnám, které u MPN nacházíme, patří především ztráty genetického materiálu v podobě delecí dlouhých ramen chromozomu 20 (20q-), dlouhých ramen chromozomu 13 (13q-) a delece krátkých ramen chromozomu 12 (12p-). Zmnožení genetického materiálu se týká především trisomií chromozomů 8 (+8) a 9 (+9) a parciálních duplikací dlouhých ramen chromozomu 1 (1q+). K dalším pozorovaným změnám patří balancované translokace, například chromozomu 8 s různými chromozomovými partnery. Takový nález je označován jako syndrom 8p11 (EMS – eight myeloproliferative syndrome) a vždy zahrnuje gen FGFR1. Cytogenetika doplněná molekulárně cytogenetickými a genetickými metodami doplňuje diagnostiku MPN, ale má význam i pro stanovení prognózy. Určení přestavby FIP1L1/ PDGFRA u nemocných s MPN s eosinofílií umožňuje zahájit efektivní cílenou léčbu imatinibem. Přesné určení genetických změn umožňuje porozumět molekulární etiopatogenezi MPN a přispívá ke zpřesnění klasifikace, prognózy a personalizace léčby nemocných., Myeloproliferative neoplasias (MPNs) are a group of hematopoietic stem cell clonal diseases with phenotypic changes resulting from increased myeloid proliferation with preserved maturation and accumulation of myeloid cells in peripheral blood: leukocytosis, thrombocytosis and increased red blood cell count or their various combinations. Cytogenetic analyses revealed recurrent chromosomal aberrations in 5–45 % of patients, but so far, a specific chromosomal change has not been found. Frequent chromosomal aberrations observed in MNPs mainly include losses of genetic material such as deletions of the long arms of chromosome 20 (20q-), long arms of chromosome 13 (13q-) and deletions of the short arms of chromosome 12 (12p-). Gains of genetic material are particularly in the form of trisomies of chromosomes 8 (+8) and 9 (+9) and partial duplications of the long arms of chromosome 1 (1q+). Other observed changes are balanced translocations, such as those of chromosome 8 with various chromosomal partners. These findings are referred to as the 8p11 myeloproliferative syndrome (EMS), always involving the FGFR1 gene. Cytogenetic analyses supplemented with molecular cytogenetic and genetic methods play supplementary role in the diagnosis of MPNs but are also contributory prognostic determinants. Recognition of the FIP1L1/PDGFRA rearrangement in patients with NPM with eosinophilia enables initiation of targeted therapy with imatinib, significantly improving their prognosis. Accurate determination of genetic aberrations enables understanding of the molecular etiopathogenesis of MPNs and contributes to more accurate classification and more individual therapy of patients., Marie Jarošová, Milena Holzerová, Radka Nedomová, Pavla Mičková, Antonín Hluší, Karel Indrák, and Literatura 80
Úvod: Fúzní transkript BCR-ABL, prokazatelný v periferní krvi nebo vzorku kostní dřeně, je specifickým molekulárním markerem chronické myeloidní leukémie a akutní lymfoblastické leukémie s nálezem Filadelfského chromozomu. Moderní kvantitativní molekulárně biologická vyšetření jsou založená na technologii real-time PCR a fluorescenčních sondách komplementárních vůči vyšetřovanému DNA/cDNA templátu. Současný trend v laboratorní medicíně a aplikované molekulární biologii podporuje snahu o externí hodnocení kvality a přenositelnost výsledků kvantitativních PCR analýz. Cílem studie je porovnat diagnostický význam dvou analytických systémů určených pro kvantifikaci BCR-ABL s ohledem na současná doporučení programu Europe Against Cancer Program (EAC). Materiál a metody: Celkem bylo analyzováno 148 vzorků (143 vzorky periferní krve a 5 aspirátů kostní dřeně) získaných od 80 dospělých jedinců. Vzorky byly vyšetřeny paralelně dvěma kvantitativními postupy s normalizací na příslušný house-keeping gen. První postup byl založen na reverzní transkripci RNA pomocí enzymu Superscript III (Invitrogen) a kvantifikaci BCR-ABL soupravou M-bcr FusionQuant Kit (Ipsogen). Druhý postup používal soupravu LightCycler t(9;22) Quantifi cation Kit (Roche). Výsledky: Kalibrační rovnice pro BCR-ABL gen (FusionQuant) byla: CT = -3,54 . log(conc BCR-ABL) + 42,33; automatický threshold = 0,06, korelační koeficient r = -1,00, reakční účinnost = 92 %. Souprava firmy Roche nepoužívá pro kvantifikaci BCR-ABL genu kalibrační proces. Kalibrační rovnice pro ABL gen (FusionQuant) byla CT = -3,53 . log(conc ABL) + 40,91, threshold pro ABL = 0,08, r = -1,00, reakční účinnost = 91 %. Kalibrační rovnice pro G6PDH gen (Roche) byla CT = -3,2 . log(conc G6PDH) + 30,9, r = -1,00, reakční účinnost = 100 %. Minimální koncentrace BCR-ABL stanovitelná soupravou FusionQuant byla 10 kopií v 5 µl použité cDNA. Nejnižší relativní koncentrace BCR-ABL stanovitelná soupravou Roche byla 0,001 %. Experimentální data ukázala lineární závislost mezi hodnotami relativní koncentrace BCR-ABL dosaženými oběma metodami s korelačním koeficientem r = 0,77, p < 0,001. Závěr: Mezi principiální rozdíly obou testovaných souprav patří výběr house-keeping genu použitého pro normalizaci koncentrace BCR-ABL. V souladu s doporučeními programu Europe Against Cancer jsme pro rutinní vyšetření v naší laboratoři zvolili soupravu FusionQuant s normalizací na ABL gen. Klíčová slova: BCR-ABL, kvantifikace, real-time PCR, house-keeping gen, ABL gen, EQA., Objective: A BCR-ABL fusion transcript found in peripheral blood or bone marrow is a specific molecular marker of chronic myeloid leukemia and Philadelphia chromosome – positive acute lymphoblastic leukemia. Modern quantitative analyses in molecular biology are based on real-time PCR technology and fluorescent probes targeted to a complementary part of DNA/cDNA templates. A current trend in laboratory medicine and applied molecular biology is to support proficiency testing and transferability of results of quantitative PCR analyses. The goal of the study is to compare the diagnostic impact of two used systems for BCR-ABL quantification with respect to recommendations of the Europe Against Cancer Program (EAC) unifying the used BCR-ABL methodology. Material and Methods: A total of 143 peripheral blood specimens and 5 bone marrow aspirates from 80 adult subjects were analysed. Two quantitative procedures were simultaneously examined. Procedure I was based on Superscript III reverse transcription (Invitrogen) and M-bcr FusionQuant Kit (Ipsogen) for relative quantification of BCR-ABL. In procedure II we used LightCycler t(9;22) Quantification Kit (Roche). Results: The calibration curve for BCR-ABL gene (FusionQuant) was: CT = -3.54 . log(conc BCR-ABL) + 42.33; automatic threshold = 0.06, correlation coefficient (r) = -1.00, reaction efficiency = 92%. The Roche kit does not use any calibration process for BCR-ABL. The calibration curve for ABL gene (FusionQuant) was CT = -3.53 . log(conc ABL) + 40.91, ABL threshold = 0.08, r = -1.00, reaction efficiency = 91%. The calibration curve for G6PDH control gene (Roche) was CT = -3.2 . log(conc G6PDH) + 30.9, r = -1.00, reaction efficiency = 100%. The limit of quantification for BCR-ABL (FusionQuant) was 10 copies in 5 µl of the used cDNA. The lowest relative concentration of BCR-ABL detectable by the Roche assay was 0.001 %. The experimental data showed a close linear association in relative quantity of BCR-ABL received by the examined assays with r = 0.77, P < 0.001. Conclusions: The principal difference between the tested procedures is the house-keeping gene used for normalization of BCR-ABL quantity. In agreement with the Europe Against Cancer strategy we have selected ABL gene as a normalization gene for our lab., Beránek M., Hegerová J., Voglová J., Bělohlávková P., and Lit.: 17
Akutní lymfoblastická leukemie dospělých s pozitivitou filadelfského chromozomu a fúzního genu BCR/ABL je agresivní hematoonkologické onemocnění, typické pro pacienty vyššího věku. Léčba spočívá v podávání chemoterapie a inhibitoru tyrozinkinázy. Maximálního efektu lze dosáhnout pomocí alogenní transplantace krvetvorných buněk, tu je však schopna podstoupit jen malá část pacientů. V případě relapsu je prognóza onemocnění extrémně nepříznivá., Philadelphia chromosome positive adult acute lymphoblastic leukemia with BCR/ABL fusion gene is an aggressive hematological malignancy most common in the elderly. Both chemotherapy and a tyrosine kinase inhibitor are engaged in the treatment. The best outcome can eventually be achieved using allogeneic hematopoietic stem cell transplantation. However, only a minority of patients can undergo such intensive therapy. Disease relapse is associated with an extremely dismal prognosis., František Folber, Eva Létalová, Michael Doubek, and Lit.: 23