Search

Start Over Contributor Plíšková, Lenka Creator Plíšková, Lenka

2. Detekce DNA Borrelia burgdorferi sensu lato pomocí real-time PCR

Creator:
Bolehovská, Radka, Plíšková, Lenka, Plíšek, Stanislav, Honegr, Karel, Palička, Vladimír, and Čermáková, Zuzana
Type:
model:article, article, Text, and TEXT
Subject:
lymeská nemoc--diagnóza, Borrelia burgdorferi--genetika--izolace a purifikace, biologický materiál - odběr a zpracování, in situ značení DNA s primerem, polymerázová řetězová reakce--metody, senzitivita a specificita, and lidé
Language:
Czech and English
Description:
Cíl práce: 1. zavedení, optimalizace a validace polymerázové řetězové reakce v realném čase pro detekci DNA borélií včetně kontroly přítomnosti inhibitorů DNA polymerázy; 2. shrnutí dosavadních výsledků získaných pomocí zavedené metody. Materiál a metody: Izolace DNA byla prováděna pomocí komerčního kitu MagNA Pure Isolatin Kit III (Bacteria, Fungi) na automatickém izolačním přístroji MagNA Pure LC fi rmy Roche. Metoda byla koncipována jako multiplex real-time PCR s amplifi kací DNA borélií a koamplifi kací inhibiční kontroly v jedné zkumavce. Výsledky: Zavedená metoda byla plně optimalizována, validována a následně použita pro vyšetření 1822 materiálů, z toho 1151 likvorů, 609 krví a 62 jiných materiálů. Pouze 17 vzorků bylo pozitivních a 4 vzorky vykazovaly přítomnost inhibitorů DNA polymerázy. Závěr: Námi zavedená a validovaná metoda je velice rychlá, citlivá a specifi cká pro detekci DNA borélií. Přesto v diagnostice lymeské boreliózy není vždy stoprocentně spolehlivá a klinická korelace, stejně jako u jiných metod, není uspokojivá., Objective: The aims of our work were to introduction, optimization and validation of real-time PCR for detection Borrelia DNA including control of DNA polymerase inhibitors presence and summary of the results obtained by the new method. Material and methods: DNA was isolated by commercial kit MagNA Pure Isolatin Kit III (Bacteria, Fungi) on automatic isolation instrument MagNA Pure LC (Roche). The method is created as multiplex real-time PCR with Borrelia DNA amplifi cation and co-amplifi cation of inhibitor control in one tube. Results: Established method was optimised, validated and then used for analysis of 1,822 biological materials, of it 1,151 cerebrospinal fl uids, 609 blood samples and 62 other biological samples. Only 17 samples were positive and 4 samples contained inhibitors of DNA polymerase. Conclusion: The established and validated method is very fast, sensitive and specifi c for detection of Borrelia DNA. In spite of, Lyme borreliosis diagnostics is not always unimpeachable and clinical correlation is not satisfactory as well as other methods., Bolehovská R., Plíšková L., Plíšek S., Čermáková Z., Honegr K., Palička V., and Lit.: 13
Rights:
http://creativecommons.org/publicdomain/mark/1.0/ and policy:public

3. Externí hodnocení kvality v molekulární biologii

Creator:
Friedecký, Bedřich, Plíšková, Lenka, Bolehovská, Radka, and Palička, Vladimír
Type:
model:article, article, Text, and TEXT
Subject:
diagnostické techniky molekulární--metody, reprodukovatelnost výsledků, and řízení kvality
Language:
Czech and English
Description:
Cílem práce je poskytnout přehledné informace o důležitých mezinárodních evropských programech externího hodnocení kvality v molekulární biologii. Jednotlivé důležité programy jsou v článku stručně charakterizovány. Uvádíme spektrum hodnocených vyšetření a pojednáváme o postupech, jakými se hodnocení provádějí. Programy se sice nemohou prokázat takovým stupněm analytické a metrologické exaktnosti jako v klinické biochemii, toxikologii a v dalších oborech laboratorní medicíny, avšak na druhé straně je jejich pojetí mnohem komplexnější zejména v propojení analyticko-technických a klinicko-postanalytických aspektů. Ve sdělení je poukázáno také na edukační význam programů EHK a rovněž na fakt, že odborná způsobilost některých pracovišť, provádějících DNA analýzy, není na dostatečné výši, která by byla potřebná pro efektivitu a správnost těchto vyšetření., This review deals with recent information on important international european programs in molecular biology. We briefly characterize main European schemas for DNA analyses. Also we introduce list of analytes and methods used for assessment. Narrow connection between analytical and postanalytical processes is very important and typical characteristic for these programs. Published results reached in these programs clearly show their necessity as tool for education of laboratory personal. Proficiency of laboratories performed DNA analyses is not enough sufficient., Bedřich Friedecký, Lenka Plíšková, Radka Bolehovská, Vladimír Palička, and Lit.: 6
Rights:
http://creativecommons.org/publicdomain/mark/1.0/ and policy:public

4. Lymeská borelióza

Creator:
Bolehovská, Radka, Plíšek, Stanislav, Plíšková, Lenka, Palička, Vladimír, and Čermáková, Zuzana
Type:
model:article, article, Text, and TEXT
Subject:
lymeská nemoc--diagnóza--terapie, Borrelia burgdorferi--genetika--imunologie, antigenní variace, diferenciální diagnóza, nemoci přenášené klíšťaty, patologické stavy, příznaky a symptomy, diagnostické techniky molekulární--metody, antibakteriální látky--aplikace a dávkování, and lidé
Language:
Czech and English
Description:
Lymeská borelióza je multiorgánové infekční onemocnění vyvolané spirochetami Borrelia burgdorferi sensu lato, v Evropě zejména Borrelia garinii, Borrelia afzelii a Borrelia burgdoreferi sensu stricto. Vektorem jejich přenosu jsou nejčastěji infi kovaná klíšťata rodu Ixodes (v našich podmínkách Ixodes ricinus). Od roku 1986 do současnosti bylo zaznamenáno 78 952 případů lymeské boreliózy, která je tak šestkrát častější než další onemocnění – klíšťová encefalitida, jehož virus je také přenášen klíšťaty. Onemocnění může probíhat buď bezpříznakově, nebo symptomaticky s velmi rozmanitou klinickou manifestací, např. postižení kůže, kloubů, nervového systému, srdce, s možností přechodu do chronicity, kdy se uplatňují imunopatologické procesy s klinickými relapsy onemocnění. Diagnostika lymeské boreliózy je založena na posouzení klinických projevů, epidemiologické anamnéze a laboratorním vyšetření různých biologických materiálů (např. vyšetření protilátek pomocí ELISA a western blot, elektronová mikroskopie, PCR, eventuálně kultivace). Cílem kauzální antibiotické léčby je odstranění spirochet., Lyme borreliosis is a multi-organ infectious disease caused by spirochetes of the Borrelia burgdorferi sensu lato group, in Europe is primarily caused by Borrelia garinii, Borrelia afzelii and Borrelia burgdoreferi sensu stricto. Most of the time, these bacteria are transmitted infected ticks of the genus Ixodes (in the Czech Republic by Ixodes ricinus). From 1986 till now, it has been described 78,952 cases of Lyme diseases, which is six times more frequent than further disorder transmitted by ticks – encephalitis caused by virus. This infection can been in progress either asymptomatic or symptomatic with very various clinical manifestations as infl iction of the skin, joints, nervous system, heart with possibility to chronic disease with immunopathologic processes and clinical relapses of the disease. The diagnosis of Lyme borreliosis is based on clinical manifestation, epidemiological anamnesis and laboratory testing of different biological materials (for example antibody detection by ELISA and western blot, electron microscopy, PCR, alternatively cultivation). The aim of causal treatment is elimination of spirochetes by antibiotics., Bolehovská R., Plíšek S., Plíšková L., Čermáková Z., Palička V., and Lit.: 26
Rights:
http://creativecommons.org/publicdomain/mark/1.0/ and policy:public

5. Postanalytické aspekty EHK v molekulární biologii extrahumánního genomu

Creator:
Bolehovská, Radka, Plíšková, Lenka, Friedecký, Bedřich, and Palička, Vladimír
Type:
model:article, article, Text, and TEXT
Subject:
řízení kvality, referenční standardy, diagnostické techniky molekulární--ekonomika--normy, and polymerázová řetězová reakce--ekonomika--metody--normy
Language:
Czech and English
Description:
Externí kontrola kvality (EHK) v molekulární biologii extrahumánního genomu se postupně zavádí a procesy standardizace a návaznosti často zaostávají za možnostmi a potřebami moderních vyšetřovacích postupů. V molekulární biologii ale bohužel neexistují referenční metody a referenční materiály, proto není možné zjišťovat návaznost metod. Přesto je snahou každé laboratoře vydávat správné a přesné výsledky. Zásadním pomocníkem v této snaze je EHK, která je zajišťována na mezinárodní úrovni QCMD a INSTAND e.V. a v rámci České republiky některými národními referenčními laboratořemi. EHK poskytuje laboratořím možnost ověřit si správnost a přesnost výsledků a porovnat je s výsledky ostatních zúčastněných laboratoří, dále zjistit nebo ověřit citlivost metody. Výsledky EHK by každá laboratoř měla podrobně a důsledně zhodnotit a v případě chyb reagovat úpravou nebo změnou PCR metody. EHK může laboratoře také inspirovat při vytváření podobných kontrolních systémů pro vnitřní kontrolu kvality. V rámci EHK však nedochází ke kontrole postanalytické fáze a klinické interpretace. Tu si každá laboratoř provádí individuálně podle svých možností a znalostí s velmi variabilní úrovní., External quality control (EQC) in molecular biology of extrahuman genome is subsequently introduced and processes of standardization and sequence often fall short of possibility and needs of modern investigative procedures. However, in molecular biology there are no available reference methods and materials and that is why it is not possible to investigate with sequence of methods. Nevertheless every laboratory tries to make right and exact results. Basic aid of this endeavour is EQC, which is supported on international level by QCMD and INSTAND e.V., and within the Czech Republic some of National reference laboratories. EQC provides to laboratories the possibility of correctness and accuracy verification of results and comparison with results of other participated laboratories. Further EQC determines or verifies sensitivity of method. Every laboratory should have in detail and thoroughly reviewed the results of EQC and in case of the mistakes responds by adjustments or changes in PCR method. EQC is able to inspire the laboratory to creation of similar control systems for internal quality control. However, the part of EQC is not the verification of post-analytical phase and clinical interpretation. This phase is provided individually by each laboratory to the best of possibility and knowledge with very variable level., Bolehovská R., Plíšková L., Friedecký B., Palička V., and Lit.: 3
Rights:
http://creativecommons.org/publicdomain/mark/1.0/ and policy:public

6. Predikce úspěšnosti léčby chronické hepatitidy C pomocí ROC analýzy

Creator:
Plíšek, Stanislav, Plíšková, Lenka, Bolehovská, Radka, Kapla, Jaroslav, and Štěpánová, Vlasta
Type:
model:article, article, Text, and TEXT
Subject:
chronická hepatitida C--farmakoterapie, interferon alfa--aplikace a dávkování, ribavirin--aplikace a dávkování, vztah mezi dávkou a účinkem léčiva, virová nálož--statistika a číselné údaje--využití, ROC křivka, prediktivní hodnota testů, výsledek terapie, retrospektivní studie, and SVR
Language:
Czech and English
Description:
Plíšek S., Plíšková L., Bolehovská R., Kapla J., Štěpánová V. and Lit.: 20
Rights:
http://creativecommons.org/publicdomain/mark/1.0/ and policy:public

7. Uncoupling protein 2

Creator:
Bolehovská, Radka, Červinková, Zuzana, Pospíšilová, Monika, Lotková, Halka, Plíšková, Lenka, and Palička, Vladimír
Type:
model:article, article, Text, and TEXT
Subject:
adenosintrifosfatasy--metabolismus, mitochondriální proteiny--metabolismus, tuková tkáň hnědá--metabolismus, oxidační stres, oxidační fosforylace, obezita--metabolismus, inzulin--sekrece, buňky - transformace nádorová--metabolismus, modely nemocí na zvířatech, and financování organizované
Language:
Czech and English
Description:
Odpřahující protein 2 (UCP2, uncoupling protein 2) objevený v roce 1997 je homologem rozpřahujícího proteinu 1 (UCP1), který byl objeven v mitochondriích hnědé tukové tkáně novorozených savců a dospělých hibernantů jako součást mechanismu netřesové termogeneze. Zatímco UCP1 byl prokázán pouze v hnědé tukové tkáni, UCP2 je exprimován v kosterním svalu, bílé tukové tkáni, plicích a v dalších buněčných populacích. Odpřahující proteiny fungují jako iontové kanály. Jejich otevření snižuje mitochondriální membránový potenciál, tím se snižuje účinnost energetické přeměny – snižuje se tvorba ATP a zvyšuje se uvolnění energie ve formě tepla. UCP proteiny tím, že odpřahují procesy oxidace od tvorby ATP, zvyšují oxidaci substrátů, snižují podíl redukovaných komponent respiračního řetězce a tím redukují produkci reaktivních kyslíkových radikálů mitochondriemi. V tomto článku jsou popsány možné funkce UCP2., Uncoupling protein 2 (UCP2), discovered in 1997, is the fi rst homologue of uncoupling protein 1 (UCP1) that was discovered in mitochondria of brown adipose tissue of newborn mammals and adult hibernators as the part of mechanism in non-shivering thermogenesis. While UCP1 was presented only in brown adipose tissue, UCP2 is expressed in skeletal muscle, white adipose tissue, lungs and in other cell populations. Uncoupling proteins work as ion channels. Opening of these channels decrease the mitochondrial membrane potential thereby the effi ciency of energy conversion is decreased – it is decreased production of ATP and is increased dissipation of energy in the form of heat. Uncoupling proteins uncouple the process of oxidation from the ATP formation, increase the substrate oxidation and decrease the part of reduced components of respiratory chain thereby reducing the production of reactive oxygen species in mitochondria. In this review possible functions of UCP2 are also described., Bolehovská R., Červinková Z., Pospíšilová M., Lotková H., Plíšková L., Palička V., and Lit.: 24
Rights:
http://creativecommons.org/publicdomain/mark/1.0/ and policy:public