Cíl studie: Výsledek každé analýzy DNA je do značné míry závislý na typu biologického materiálu použitého pro extrakci nukleových kyselin. Cílem naší studie je porovnat vlastnosti DNA extraktů získaných dvěma různými izolačními postupy z buněk bukální sliznice, močového sedimentu, nehtů, vlasových kořínků a periferních krevních buněk. Materiál a metody: Biologické vzorky byly získány od 24 dobrovolníků s mediánem věku 31 let (25–54 let). Izolace DNA byla provedena fenol-chloroformovou extrakcí a pomocí separačních mikrokolonek (Qiagen). Eluční objem byl v obou případech 50 μl. Extrakty byly charakterizovány spektrofotometricky, fluorimetricky, elektroforeticky a z hlediska účinnosti následné PCR amplifikace. Výsledky: Nejvyšší koncentrace DNA obsahovaly extrakty z buněk periferní krve a bukální sliznice; nejnižší koncentrace DNA byly izolovány z vlasových kořínků. Všechny typy extraktů měly uspokojivou čistotu (mediány v rozmezí 1,7–1,9). Podíl nefragmentované DNA ve vzorcích získaných mikrokolonkovou metodou byl téměř dvojnásobný v porovnání s fenolovou extrakcí. Procentuální zastoupení nefragmentovaných molekul klesal podle biologického zdroje v následující řadě: krev (73,3 %) > bukální sliznice (63,5 %) > močový sediment (31,3 %) > nehty (25,3 %) > vlasy (20,4 %). Amplifikační účinnost u extraktů z periferní krve, bukálního stěru a močového sedimentu byla vyšší než u extraktů z nehtů a vlasů. Závěr: Všechny analyzované extrakty pocházející z krevních buněk, bukální sliznice, močového sedimentu, nehtů a vlasů poskytly dostatek DNA molekul k provedení molekulárně biologických vyšetření. Nejvhodnějšími materiály byly krevní buňky a buňky bukální sliznice. Z nich připravené extrakty měly nejvyšší koncentraci a čistotu DNA bez ohledu na použitou izolační metodu, nejnižší podíl degradované DNA a nejvyšší účinnost amplifikace krátkých i dlouhých amplikonů., Objective: Results of DNA testing depend in many cases on the type of biological material used for extraction of nucleic acids. The aim of the study is to compare properties of DNA extracts prepared using two different isolation procedures from buccal cells, urine sediment, nails, hair roots, and peripheral blood cells. Material and Methods: Biological material was collected from 24 volunteers at median age of 31 years (range 25–54 years). Phenol–chloroform extraction and spin microcolumn extraction method (Qiagen) were used for DNA isolation. In both the procedures, the elution volume was 50 μl. The extracts were characterized optically (UV spectrophotometric and fluorimetric analyses), electrophoretically, and by PCR amplification efficiency. Results: The highest DNA concentrations were found in extracts from peripheral blood and buccal cells; the lowest DNA concentrations were in hair extracts. All types of the extracts had acceptable purity (medians 1.7–1.9). The content of nonfragmented DNA molecules in the microcolumns extracts was almost twofold higher in comparison to the phenol ones. The percentages of non-fragmented DNA decreased as follows: blood (73.3 %) > buccal cells (63.5 %) > urine sediment (31.3 %) > nails (25.3 %) > hair roots (20.4 %). The amplification efficiency in the peripheral blood, buccal swab, and urine extracts was significantly higher than in the nail and hair extracts. Conclusion: All analyzed DNA extracts received from blood, buccal cells, urine sediment, nails, and hair roots provided a sufficient number of integral DNA molecules for following DNA testing. The best quality of DNA was found in extracts from blood and buccal cells (high concentrations and purity, low degree of fragmentation, and high efficiency of amplification for either short or long PCR amplicons)., Beránek M., Hegerová J., Drastíková M., and Literatura 25
Cíl. Posoudit přínos 18F-FDG-PET/CT k volbě léčebné strategie u renálního karcinomu. Metoda. Byla provedena analýza souboru 40 nemocných (28 mužů a 12 žen s průměrným věkem 67,8 let v rozpětí 53-86 let), kteří podstoupili 18F-FDG-PET/CT. U všech nemocných bylo na základě ultrasonografie podezření na lokálně objemný nebo pokročilý renální karcinom. 18F-FDG-PET/CT vyšetření byla provedena protokolem, který zahrnoval dvoufázovou CT angiografii se zachycením ledvin v arteriální a venózní fázi. U nemocných byla porovnána úroveň akumulace 18F-FDG s histologicky stanoveným gradingem a dále byl sledován vývoj onemocnění po dobu 12 měsíců od provedení 18F-FDG-PET/CT. Výsledky. Celková mortalita v souboru byla 45%, nejvyšší úroveň akumulace dosahovaly nádory 4. stupně gradingu (průměrná hodnota SUV 10,4, rozpětí 5-22) , nejvyšší mortalita byla u nádorů s výší akumulace přesahující 10 SUVmax (63, 6%). Nové informace přineslo 18F-FDG-PET/CT ve srovnání s nálezem CT u 87,5%. Závěr: 18F-FDG-PET/CT přispívá k rozhodnutí o terapii, zejména odhalením vzdálené diseminace, ale má potenciál i k odhadu prognózy pomocí stanovení maximálních hod not akumulace 18F-FDG., Aim. To assess the impact of 18F-FDG-PET/ CT on the treatment decision in renal cell carcinoma. Method. The analysis of the sample of 40 patients was made; it consists of 28 males, 12 females, mean age 67.8 years, ranging 53-86 years. All patients underwent 18F-FDG-PET/ CT including two-phase CT-angiography of the kidneys, locally advanced or generalized renal cell carcinoma was suspected in all patients. The level of the 18F-FDG accumulation within the tumor was compared with the histological grading and the development of the disease was surveyed twelve months after 18F-FDG-PET/CT. Results. Overall mortality reached 45%, the highest 18F-FDG accumulation showed tumor of the grade 4 (mean SUV 10.4, ranging 5-22), the highest mortality was present in tumors exceeded the SUVmax value of 10 (mortality 63.6%). New information was brought by 18F-FDG-PET/CT in comparison to CT in 87.5%. Conclusion. 18F-FDG-PET/CT is useful tool to make decision about the way of treatment especially when the generalization is confirmed or excluded; the method is bearing the potential to set the prognosis according the reached value of 18F-FDG accumulation measured in SUVmax., Jiří Ferda, Eva Ferdová, Milan Hora, Ondřej Hes, and Lit.: 16
Cíl: Publikace případu falešně zvýšené koncentrace bilirubinu u pacientky s mnohočetným myelomem. Metoda: U pacientky s diagostikovaným a léčeným mnohočetným myelomem byla stanovena atypicky vysoká hodnota sérového bilirubinu diagnostickým kitem Roche na přístroji Modular a normální, o dva řády nižší hodnota téhož analytu diagnostickým kitem Olympus na přístroji Olympus 400. Výsledky: Pacientka měla v krvi koncentraci paraproteinu IgG kappa 61,6 g/l. Sérový bilirubin, stanovený na přístroji Modular měl hodnotu 546 μmol/l, zatímco při opakovaném měření na přístroji Olympus 400 byla hodnota u stejné pacientky 6 μmol/l. Nižší hodnota korespondovala s klinickým stavem pacientky. Diskuse a závěr: Oba výrobci upozorňují ve svých pracovních návodech na potenciální možnost pozitivních interferencí v přítomnosti IgM lambda. Zjistili jsme extrémní pozitivní chybu o velikosti dvou řádů v přítomnosti paraproteinu IgG kappa u jednoho z nich (Roche). Chyba je snadno detekovatelná inspekcí záznamu kinetiky reakčního průběhu a neměla by ujít pozornosti při vydávání výsledků., Objective: Falsely elevated serum bilirubin in patient with multiple myeloma. Method: We determined serum bilirubin in a patient with multiple myeloma by using Modular and we repeated analysis by using Olympus 400. Results: Concentration of IgG kappa was 61.6 g/l. Serum bilirubin value measured on the Modular Roche has been 546μmol/l, while repeated measurement on Olympus 400 provided value only 6 μmol/l. Lower Olympus value corresponded to clinical status of the patient. Discussion and conclusion: Both producers introduce in their working manual the possibility of IgM lambda interference for bilirubin measurement. We found extremely high systematic error in presence IgG kappa only in Modular Roche, not in Olympus 400. Analyzer Modular Roche gives the possibility of an easy error determination by using inspection of kinetic of reaction run., Šolcová L., Friedecký Bedřich, Radocha J., Tichý M., Maisnar V., Holečková M., Vávrová J., and Lit.: 3
Cíl studie: Prozkoumat vztahy zavedených a zvažovaných prediktorů přežití u hemodialyzovaných pacientů a zjistit jejich spojitost s přítomností metabolického syndromu (MS). Typ studie: Observační průřezová studie. Název a sídlo pracoviště: Ústav klinické biochemie a hematologie, Univerzita Karlova v Praze, Lékařská fakulta v Plzni a Fakultní nemocnice Plzeň. Materiál a metoda: 80 hemodialyzovaných pacientů (věk 67,0 [61,0–73,5] let, BMI 27,5 [22,7–33,0] kg/m2; medián [mezikvartilové rozpětí], 37 žen) bylo rozděleno do 2 skupin podle defi nice MS (NCEP ATP III) (39 pacientů s MS). Vylučovací kritérium: CRP > 30 mg/l. Vzorky séra a plazmy byly odebírány těsně před zahájením hemodialýzy. Sledovány byly následující parametry: adiponektin (včetně vysokomolekulární formy), leptin, TNF-alfa, PAI-1, ADMA, inzulin, CRP, albumin. K hodnocení rozdílů mezi skupinami byl použit Wilcoxonův dvouvýběrový test. Výsledky: U adiponektinu a leptinu byly nalezeny rozdíly mezi pohlavími v rámci skupin. Koncentrace adiponektinu a podíl jeho vysokomolekulární (HMW) formy byly vyšší u žen ve skupině bez MS (95% CI pro rozdíl mediánů 0,45–10,33 mg/l, respektive 0,006–0,10, p < 0,05), ale mezi pohlavími u pacientů s MS se významně nelišily. Na druhou stranu, hladiny leptinu byly vyšší u žen pouze ve skupině s MS (CI 7,30–52,80 μg/l, p < 0,05). U pacientů s MS byly u obou pohlaví pozorovány nižší hladiny adiponektinu (CI 2,57–8,78 mg/l pro muže a 5,90–14,94 mg/l pro ženy, p < 0,001), nižší podíl HMW formy (CI 0,02–0,13 pro muže a 0,10–0,21 pro ženy, p < 0,001), vyšší hladiny leptinu (CI 11,50–48,10 μg/l pro muže a 31,60–78,40 μg/l pro ženy, p < 0,001) a vyšší hladiny inzulinu (CI 5,4–14,5 mIU/l, p < 0,001). U následujících parametrů nebyly zjištěny statisticky významné rozdíly mezi skupinami: ADMA (CI -0,32–0,13 μmol/l, p = 0,45), CRP (CI -1,55–3,05 mg/l, p = 0,59), PAI-1 (CI -0,7–6,3 μg/l, p = 0,16), TNF-alfa (CI -0,46–0,12 ng/l, p = 0,28) a albumin (CI -2,1–0,8 g/l, p = 0,41). Závěr: Koncentrace adiponektinu a leptinu odrážely přítomnost MS, hladiny zavedených prediktorů přežití, CRP a albuminu, se ale překvapivě mezi skupinami nelišily. Tyto výsledky by nasvědčovaly omezenému významu MS v prognóze hemodialyzovaných pacientů., Objective: To explore the relationships of established or putative survival predictors in hemodialysis patients and their connection with the presence of the metabolic syndrome (MS). Design: Observational, cross-sectional. Settings: Department of Clinical Biochemistry and Hematology, Faculty Hospital and Charles University – Faculty of Medicine in Pilsen, Czech Republic. Material and methods: 80 hemodialyzed patients (median [IQR] of age = 67.0 [61.0–73.5] years, BMI = 27.5 [22.7–33.0] kg/m2, 37 females) were divided into 2 groups according to NCEP ATP III defi nition of the MS (39 patients with MS). Exclusion criterion: CRP level > 30 mg/l. Serum and plasma samples were taken prior to hemodialysis initiation. Following parameters were examined: adiponectin (including high-molecular weight form), leptin, TNF-alpha, PAI-1, ADMA, insulin, CRP, albumin. Comparison between groups was done using Wilcoxon rank-sum test for independent samples. Results: Gender differences have been found in adiponectin and leptin levels within the groups. Adiponectin levels and the portion of its high-molecular weight (HMW) form were higher in females in the group without MS (95% CI for the difference of medians 0.45–10.33 mg/l and 0.006-0.10, p < 0.05), respectively, but were not different between sexes in the patients with MS. On the other hand, leptin levels were different (higher in females) only in the group with MS (CI 7.30–52.80 μg/l, p < 0.05). Both for males (M) and females (F), the group with MS showed lower adiponectin levels (CI 2.57–8.78 mg/l for M and 5.90–14.94 mg/l for F, p < 0.001), lower portion of HMW-adiponectin (CI 0.02–0.13 for M and 0.10–0.21 for F, p < 0.001), higher levels of leptin (CI 11.50–48.10 μg/l for M and 31.60–78.40 μg/l for F, p < 0.001) and higher levels of insulin (CI 5.4–14.5 mIU/l, p < 0,001). No statistically signifi cant differences were found in ADMA (CI 0.32–0.13 μmol/l, p = 0.45), CRP (CI 1.55–3.05 mg/l, p = 0.59), PAI-1 (CI 0.7–6.3 μg/l, p = 0.16), TNF-alpha (CI 0.46–0.12 ng/l, p = 0.28) and albumin levels (CI 2.1–0.8, p = 0.41). Conclusion: The concentration of adiponectin and leptin well refl ected the presence of the metabolic syndrome. Surprisingly, levels of conventional survival predictors (CRP, albumin) did not vary between the groups. These fi ndings may suggest a limited relevance of the MS concept in the prognosis of HD patients., Vostrý Michal, Rajdl D., Eiselt J., Malánová L., Pikner R., Trefil L., Racek J., and Lit.: 18
U pacientů s Alzheimerovou nemocí (AN) se postupně zhoršuje soběstačnost v běžném životě, a tak vzrůstá závislost na pomoci druhé osoby - pečovatele. Pečovatelé 24 pacientů s AN vybrali z nabídky 34 různých aktivit denního života ty položky, které byly u jejich pacientů nejvíce zachované, nejvíce postižené a které nejvíce obtěžovaly pečovatele. Současně se u pacientů s AN měřila kognitivní výkonnost pomocí testu Mini-Mental State Examinati on (MMSE). Nejméně se choroba dotýkala základních aktivit, zatímco nejvíce postižená byla orientace v čase. Dezorientace v čase byla rovněž nejvíce obtěžující pro pečovatele pacientů s lehčí demencí (MMSE 18- 25), zatímco pečovatelům pacientů s těžším kognitivním deficitem (MMSE 0- 17) vadila zejména narušená komunikace. Tyto poznatky moho u být využitelné pro diagnostiku Alzheimerovy nemoci, při sociální péči o pacienty a k většímu porozumění problémům pečovatelů., In patients with Alzheimer's disease (AD) the ability to perform activities of daily living (ADL) deteriorates causing them to become increasingly dependent on their caregivers. 24 caregivers of patients with AD were given a questionnaire on 34 ADL with the task of stating which activities are the most preserved and the most impaired in their patients. They also identified which activity?s impairment was the biggest source of burden for caregivers themselves. The global cognitive performance of AD patients was measured using the Mini-Mental State Examination (MMSE). The least impact of the disease was seen in basic ADL, while orientation in time was most affected. Impaired orientation in time was found the most troublesome by the caregivers of patients with milder dementia (MMSE 18-25), while caregivers of patients with more pronounced dementia suffered predominantly from impaired communication. These findings can be useful for the diagnosis of Alzheimer?s disease, in social care for patients and provide a better understanding of caregivers' burden., Pavel Martínek, Aleš Bartoš, and Lit.: 13
Clinical oncologists have been focusing their efforts on attempting to define risk groups of patients with unusual biological reactions to the recommended therapy regimens using molecular biology techniques. The aims of our study were: (i) to find a design and validate a method for fast and reliable analysis of the D1853N (5557G>A) genetic polymorphism in the ATM (ataxia-telangiectasia mutated) gene; (ii) to use side-directed mutagenesis to generate ATM 5557A-positive DNA (reference ATM5557A DNA); and (iii) to analyze a group of patients suffering from cervical carcinoma with adverse responses to radiotherapy. The 5557A variant was found in three of twenty women (15%). Our data show that the prevalence of the 5557A allelic variant in cervical cancer subjects with adverse responses after irradiation probably does not differ from the prevalence common in Caucasians. A larger population study should confirm these preliminary results., Martin Beránek, Monika Drastíková, Simona Paulíková, Igor Sirák, Milan Vošmik, Jiří Petera, and Literatura 31
Cíl studie: Plynová chromatografie se v diagnostice užívá pro speciální stanovení, například profilu organických kyselin v moči nebo séru. Tato metoda ovšem umožňuje, zejména pak ve svém dvojdimenzionálním uspořádání (GC×GC), mnohem ucelenější pohled na vybraný biologický materiál. Cílem práce bylo vyvinout postup pro komplexní analýzu biologického materiálu. Typ studie: Vývoj analytické metody Název a sídlo pracoviště: Laboratoř dědičných metabolických poruch, Fakultní nemocnice, Olomouc Materiál a metody: Analýzy byly provedeny na GC×GC (Agilent 7890) spojeném s průletovým hmotnostním analyzátorem (TOF MS) (LECO Pegasus 4D). Automatické zpracování dat bylo provedeno programem ChromaTOF (LECO) za použití „reference.“ Výsledky: V této studii byla vytvořena tzv. reference metabolitů, obsahující zejména organické kyseliny, aminokyseliny a látky podobné povahy, které byly derivatizovány dvěma postupy – silylací nebo alkylací methylchloroformiátem. Aplikací reference na naměřené vzorky bylo možno identifikovat (shoda 733–999) více než 100 analytů v každém vzorku. Závěry: GC×GC-TOF je vhodná metoda pro metabolomickou analýzu mnoha biologických matricí a může být také uplatněna v diagnostice metabolických onemocnění. Zpracování dat lze plně automatizovat., Objective: Gas chromatography is used in diagnostics mostly for special analyses e.g. organic acids profiling in urine or serum. But this method enables, especially in two-dimensional version (GC×GC), more comprehensive view on selected biological material. The aim of this work was to develop a method for complex analysis of biological material. Design: Analytical method development Settings: Laboratory for Inherited Metabolic Disorders, Palacky University and University Hospital, Olomouc Material and methods: Analyses were performed on GC×GC (Agilent 7890) coupled with time-of-flight mass analyzer (TOF MS) (LECO Pegasus 4D). An automated data processing was performed by the ChromaTOF software (LECO) using “reference” tool. Results: In this study, the list of metabolites was created. It covers predominantly organic acids, amino acids, sugars, and similar – silylated or alkylated via methylchloroformiate. After applying the reference we were able to identify (spectral matches of 733–999) more than 100 analytes in each sample. Conclusion: GC×GC-TOF is a valuable tool in metabolomic analysis of many biological matrices and enables also diagnosing metabolic disorders. Data processing can be fully automated., Wojtowicz P., Dostálová E., Adam T., and Literatura 2
Práce se zabývá statistickou analýzou cen léků v lékárnách okresu Kladno. Tato analýza byla provedena na modelové skupině 13 léků. Soustředila se zejména na rozdíly v cenách léků. Variační koeficient se pohyboval od 0,024 do 0,42. To ukazuje na velký rozdíl cen některých léků mezi lékárnami. Šetřením bylo dále prokázáno, že existuje závislost cen některých léků na umístění a bliž ší specifikaci lékáren kladenského ok re su. Statisticky významný rozdíl byl zjištěn mezi cenami léků v lékárnách umístěných v nákupních střediscích a mimo tato střediska (ve zdravotnických zařízeních, jinde). Vliv velikosti obce (Kladno – Slaný – ostatní) ani vzdálenosti od centra na ceny léků nebyl prokázán. Lékárníci kritizují systém jako příliš složitý a poukazují zejména na to, že mu pacienti nerozumí a nepřijímají ho., The paper deals with a statistical analysis of drug prices in pharmacies of the Kladno district. This analysis was carried out on a model set of 13 drugs. It was focused above all on differences in drug prices. The coefficient of variation varied between 0.024 and 0.42, which reflects large differences in prices of some drugs between pharmacies. The investigation has further shown that there is a dependency of prices of some drugs on the location and more detailed specification of pharmacies in the Kladno district. Statistically significant difference was proved between the prices in pharmacies within shopping malls, and outside them (in medical centres, elsewhere). Effects of the community size (Kladno – Slaný – other) and of the distance from the town centre were not established. Pharmacists criticize the system as too complicated and stress above all the fact that patients do not accept it., Martin Brhel, Vladimír Rogalewicz, and Lit.: 5