Cíl studie: Výsledek každé analýzy DNA je do značné míry závislý na typu biologického materiálu použitého pro extrakci nukleových kyselin. Cílem naší studie je porovnat vlastnosti DNA extraktů získaných dvěma různými izolačními postupy z buněk bukální sliznice, močového sedimentu, nehtů, vlasových kořínků a periferních krevních buněk. Materiál a metody: Biologické vzorky byly získány od 24 dobrovolníků s mediánem věku 31 let (25–54 let). Izolace DNA byla provedena fenol-chloroformovou extrakcí a pomocí separačních mikrokolonek (Qiagen). Eluční objem byl v obou případech 50 μl. Extrakty byly charakterizovány spektrofotometricky, fluorimetricky, elektroforeticky a z hlediska účinnosti následné PCR amplifikace. Výsledky: Nejvyšší koncentrace DNA obsahovaly extrakty z buněk periferní krve a bukální sliznice; nejnižší koncentrace DNA byly izolovány z vlasových kořínků. Všechny typy extraktů měly uspokojivou čistotu (mediány v rozmezí 1,7–1,9). Podíl nefragmentované DNA ve vzorcích získaných mikrokolonkovou metodou byl téměř dvojnásobný v porovnání s fenolovou extrakcí. Procentuální zastoupení nefragmentovaných molekul klesal podle biologického zdroje v následující řadě: krev (73,3 %) > bukální sliznice (63,5 %) > močový sediment (31,3 %) > nehty (25,3 %) > vlasy (20,4 %). Amplifikační účinnost u extraktů z periferní krve, bukálního stěru a močového sedimentu byla vyšší než u extraktů z nehtů a vlasů. Závěr: Všechny analyzované extrakty pocházející z krevních buněk, bukální sliznice, močového sedimentu, nehtů a vlasů poskytly dostatek DNA molekul k provedení molekulárně biologických vyšetření. Nejvhodnějšími materiály byly krevní buňky a buňky bukální sliznice. Z nich připravené extrakty měly nejvyšší koncentraci a čistotu DNA bez ohledu na použitou izolační metodu, nejnižší podíl degradované DNA a nejvyšší účinnost amplifikace krátkých i dlouhých amplikonů., Objective: Results of DNA testing depend in many cases on the type of biological material used for extraction of nucleic acids. The aim of the study is to compare properties of DNA extracts prepared using two different isolation procedures from buccal cells, urine sediment, nails, hair roots, and peripheral blood cells. Material and Methods: Biological material was collected from 24 volunteers at median age of 31 years (range 25–54 years). Phenol–chloroform extraction and spin microcolumn extraction method (Qiagen) were used for DNA isolation. In both the procedures, the elution volume was 50 μl. The extracts were characterized optically (UV spectrophotometric and fluorimetric analyses), electrophoretically, and by PCR amplification efficiency. Results: The highest DNA concentrations were found in extracts from peripheral blood and buccal cells; the lowest DNA concentrations were in hair extracts. All types of the extracts had acceptable purity (medians 1.7–1.9). The content of nonfragmented DNA molecules in the microcolumns extracts was almost twofold higher in comparison to the phenol ones. The percentages of non-fragmented DNA decreased as follows: blood (73.3 %) > buccal cells (63.5 %) > urine sediment (31.3 %) > nails (25.3 %) > hair roots (20.4 %). The amplification efficiency in the peripheral blood, buccal swab, and urine extracts was significantly higher than in the nail and hair extracts. Conclusion: All analyzed DNA extracts received from blood, buccal cells, urine sediment, nails, and hair roots provided a sufficient number of integral DNA molecules for following DNA testing. The best quality of DNA was found in extracts from blood and buccal cells (high concentrations and purity, low degree of fragmentation, and high efficiency of amplification for either short or long PCR amplicons)., Beránek M., Hegerová J., Drastíková M., and Literatura 25
Vstupní otázkou textu je, existuje-li specificky romská kriminalita. Ve své studii, která je primárně odpovědí na uvedenou otázku, autor danou problematiku nahlíží programově v perspektivě sociálně-kulturní, kdy jako „Romy“ chápe nositele specifické (tj. romské) kultury a romskou kriminalitu pak následně jako specifickou součást této kultury, respektive jako výsledek kontaktu nositelů této kultury s kulturou majoritní (zde české) společnosti. V této poloze je celý text kritikou všech – v české a slovenské populaci doposud převládajících – představ o tom, že kriminální jednání mají Romové/Cikáni vrozené („v krvi“). V úzké vazbě na centrální otázku se autor snaží odhalit příčiny romské kriminality. V základním plánu pak identifikuje dva základní typy těchto příčin – jednak příčiny vyplývající z determinace specifickou (tj. romskou) kulturní tradicí, za druhé pak příčiny vyplývající z adaptace Romů (v uvedeném smyslu) na současné podmínky české společnosti. Podložím celé studie jsou autorovy výzkumy prováděné jednak v tzv. romských osadách na Slovensku a jednak v tzv. romských ghettech v České republice., The main question of the article is whether there exists a specific Roma criminality. In his study, which primarily answers the above mentioned question, the author examines the issue from the socio-cultural perspective, that is he considers “Roma” as bearers of a specific (i.e. Roma) culture and Roma criminality as a specific part of this culture, or more precisely, as a consequence of the contact of the bearers of this culture with the bearers of the culture of the majority (in this case Czech) society. In this sense, the paper represents a criticism of all the conceptions of Roma criminality based on a presumption that criminal behaviour is part of the Roma nature (“it is in their blood”). In this connection, the author makes an attempt to discover the causes of Roma criminality. At a general level, he identifies two types of these causes: 1) causes determined by a specific (i.e. Roma) cultural tradition and 2) causes resulting from the adaptation of the Roma (in a given sense) to the contemporary situation of the Czech society. The empirical data come from research conducted by the author and his fiancée in Roma settlements in Eastern Slovakia and in the so called “Roma ghettos” in the Czech Republic., Marek Jakoubek, and Literatura
Introduction: Obstruction of the appendiceal lumen is the primary cause of appendicitis. The most common causes of luminal obstruction are fecaliths and lymphoid follicle hyperplasia. Additionally, bacterial infections or enteric and systemic viral diseases can cause a reaction of the lymphoid follicle. Case presentation: An 11-year-old boy with active phase of chickenpox presented on our Pediatric surgery emergency department under the impression of acute appendicitis. An appendectomy was performed on the same day. An inflamed and edematous retrocecal appendix was removed during surgery. Histological investigation of the appendix revealed transmural acute inflammation, with diffuse proliferation of inflammatory cells, with characteristic intranuclear inclusion surrounded by a clear halo. The PCR analysis of peripheral blood and appendix tissue specimen revealed positive VZV DNA. Conclusion: We have shown that varicella-zoster virus infection of the appendix is associated with acute appendicitis and possibly also with severity of the disease., Zenon Pogorelić, Mihovil Biočić, Ivo Jurić, Klaudio Pjer Milunović, Ivana Mrklić, and Literatura 11
Cíl. Perkutánní intervence je dnes jednou ze základních metod dosažení hemostázy v traumatologii. Z hlediska péče o zraněné jde především o léčbu krvácení. Výkon navazuje velmi těsně na vyšetření CT, které jednoznačně prokáže aktivní krvácení především do retroperitonea, do oblasti pánve a při poranění parenchymových orgánů dutiny břišní. Cílem sdělení je zhodnotit vlastní zkušenosti s akutní endovaskulární léčbou poranění parenchymových orgánů dutiny břišní, retroperitonea a pánve. Materiál a metodika. Od roku 2008 do konce roku 2011 bylo indikováno k endovaskulární léčbě a následně na Radiologické klinice LF a FN Olomouc léčeno celkem 23 pacientů (17 mužů a 6 žen) s traumatickým krvácením do parenchymových orgánů dutiny břišní, retroperitonea či pánve. Indikací k intervenci bylo vždy aktivní arteriální krvácení sledovatelné při CT vyšetření. Průměrný věk pacientů byl 37,42 let (od 15 do 66 let). Nejčastějším embolizačním materiálem, který jsme použili, byly embolizační spirály, jen ojediněle jsme použili k embolizaci želatinovou pěnu nebo kombinaci spirál a želatinové pěny. Výsledky. U 21 nemocných byla akutní hemostatická intervence definitivní. Primární úspěšnost tedy dosáhla 91,3%. U dvou zraněných byla nutná pro opětovné krvácení reembolizace, která již byla definitivní. Opětovné krvácení je považováno za velkou komplikaci hemostatické embolizace. Během embolizace ani v jejím důsledku nedošlo k žádné jiné velké či malé komplikaci. Počet velkých komplikací tak dosáhl v našem souboru 8,7%. Závěr. Neoperační terapie je dnes preferovaná strategie léčby nemocných s poraněním parenchymatózních orgánů, retroperitonea a pánve. K endovaskulární léčbě jsou indikováni hemo dynamicky stabilní či infuzemi stabilizovaní zranění s aktivním krvácením, arteriovenózní či arterioportální pištěli nebo pseudoaneuryzmatem prokázaným dnes již výhradně pomocí CT vyšetření., Background. Endovascular intervention is the current standard of practice to achieve hemostasis in blunt abdominal trauma. Percutaneous procedure comes after diagnostic CT examination, which is the most effective diagnostic tool to demonstrate active bleeding to the retroperitoneal space, pelvis and abdominal solid organs. The aim of the study is to evaluate endovascular treatment of abdominal solid organ, retroperitoneal and pelvic injuries. Material and method. From 2008 to 2011 23 patients (17 men and 6 women) with traumatic bleeding from abdominal and retroperitoneal solid organs or pelvis were treated on Department of Radiology, University Hospital Olomouc. Indication for embolization was always active arterial bleeding detected on CT examination. Mean age of patients was 37.42 years (range 15-66 years). Coils and microcoils were the most frequently used embolic material. Results. Endovascular treatment was definitive in 21 patients. Primary success rate was 91.3%. Reembolization for rebleeding was needed in two patients. Rebleeding is considered as major complication. No other major or minor complication for hemostatic embolization was seen in our cohort. Major complication rate was 8.7%. Conclusion. Nonoperative management is nowadays preferred strategy of treatment in abdominal solid organ, retroperitoneal and pelvic injuries. Hemodynamically stable or by fluid infusions stabilised patients with active ongoing bleeding, arteriovenous or arterioportal fistula or pseudoaneurysm seen on CT are nowadays indicated for endovascular treatment., Martin Köcher, Marie Černá, Stanislav Buřval, Igor Čižmář, and Literatura 19
Karcinom prsu je nejčastější nádorové onemocnění u žen. Každoročně postihuje více než 1 000 000 žen na celém světě. Z toho zhruba 11 % případů rakoviny prsu lze připisovat konzumaci alkoholu u žen. Cílem tohoto článku je vytvořit představu o podílu nákladů na léčbu karcinomu prsu, který lze přiřadit konzumaci alkoholu v ČR v roce 2007. Zjištěná výsledná částka, kterou je třeba vynaložit na léčbu pacientek pravidelně konzumujících alkohol, je 39 mil. Kč., Breast cancer is the most common cancer in women. Annually, it affects more than 1 million women worldwide. Thereof, some 11% of the breast cancer incidence can be attributed to alcohol consumption in women. The aim of this article is to create a notion of the proportion of the costs spent to treat breast cancer that can be ascribed to alcohol consumption in the Czech Republic in 2007. The overall amount that is to be spent to treat women patients who regularly consume alcohol is 39 million CZK., Iva Šmídová, and Literatura 20
Je předložena první část plánovaného souboru malých prací, určených pro tento časopis. Práce se týká věcí, podle našeho názoru důležitých pro analytickou kvalitu v klinické laboratoři. Celý soubor prací se bude zabývat tématy metrologie (charakteru předmětů měření), statistikou, vnitřní kontrolou kvality, externím hodnocením kvality a kritickými postřehy v uvedených oblastech. Příspěvky jsou napsány s maximální snahou po jednoduchosti podle konceptu ASAP-„as simple as possible“. V prvním příspěvku byl aplikován tento přístup pro odvození požadavků na analytickou kvalitu z hodnot biologických variabilit: je diskutována situace při měření koncentrace Na v krevním séru. Analytická kvalita tohoto měření je akceptovatelná, pokud dlouhodobě sledované výsledky vykazují stabilitu v rozmezí 1 %. Této stability je možné dosáhnout., This is the first article in a series of small, „loose“ contributions to this journal. The articles touch, what we think, is important about analytical quality in the medical laboratory The articles will address topics such as metrology (philosophy of the measurand), statistics, internal quality control (IQC), external quality assessment (EQA), critiques to the discipline. All contributions follow the ASAP-concept, meaning As Simple As Possible. Here, we explore the „ASAP“ concept for analytical quality specifications derived from biological variation. The application of the concept results for the great majority of the mainstream serum-, plasma-, and blood-analytes in CVa values within boundaries of 0.4 – 15 % and for Delta-SE within boundaries of 0.2 – 10 %. The take-home message is: analytical quality in the medical laboratory must NOT be viewed in absolute terms („a CVa of 2 % is good“), BUT in relative terms. A CVa of 2 % is good for S-cholesterol analysis, but NOT for S-Na analysis!, Stepman H., Stöckl D., and Literatura 11
V základním vyjádření je statistická síla pravděpodobnost dosažení statistické významnosti. Tři faktory (effect-size – velikost zamýšleného efektu), α, n), spolu se statistickou silou, tvoří uzavřený systém – pokud jsou všechny tři ustaveny, je tím zároveň i kompletně určen čtvrtý. Cílem silové analýzy je najít vhodnou rovnováhu mezi těmito faktory při zohlednění podstatných cílů studie. Ilustrujeme význam role velikosti zamýšleného efektu, α, a n na síle jednostranného F-testu, abychom poskytli celkový obrázek o pojetí konceptu statistické síly (testu)., In very basic terms, statistical power is the likelihood of achieving statistical significance. Three factors (effect-size, α, n), together with power, form a closed system – once any three are established, the fourth is completely determined. The goal of a power analysis is to find an appropriate balance among these factors by taking into account the substantive goals of a study. We exemplify the role of effect-size, α, and n on the power of a 1-sided F-test and give a general illustration of the power concept., Stepman H., Stöckl D., and Literatura 8
Protože téma tohoto eseje je často považováno za nudné, uvádíme zde tři milé osoby, které můžeme také využít i v případě pozdějších esejů. Jsou to zvědavý laik, „vševědoucí“ klinický biochemik, a sekretářka bez fantazie. Zatímco koncept pojmu měřené veličiny se zdá být snadný, vědní obor má překvapivě odlišné názory o některých konkrétních měřených veličinách. To platí obecně zejména při měření složek směsí. Nicméně jednotkou pro analýzu směsi by měl být mol a testy by měly měřit v poměru molů klinicky významného obsahu., Because the topic of this essay is often considered boring, we introduce here 3 friendly people who we may also use in later essays. They are the curious layperson, the “All-Knowing” Clinical Biochemist, and the “earth-bound” secretary. While the concept of the measurand seems to be easy, the discipline has surprisingly different opinions about certain specific measurands. This holds true, in particular, for what concerns the measurement of component mixtures. Nevertheless, the unit for mixture analysis should be mol and tests should measure equimolar to the medically relevant extent., Stepman H., Stöckl D., and Literatura 6
Tato práce vysvětluje základy vnitřní kontroly kvality v kostce. V prvé řadě je IQC nezbytnou součástí získání spolehlivého výsledku měření pacientských vzorků. Vytvoření účinné IQC strategie vyžaduje základní statistické znalosti (průměr, směrodatná odchylka a jejich intervaly spolehlivosti). K tomu jsou také potřebné základní znalosti o silových funkcích. Výběr IQCpravidel je vždy kompromisem mezi danou schopností systému detekovat chyby a pravděpodobností falešného zamítnutí. Použití konceptu přípustné celkové chyby může být užitečné při rozhodování o nejúčinnějších kontrolních pravidlech pro daný konkrétní analyt. To však vyžaduje též základní znalosti o analytických požadavcích na kvalitu. Praktické faktory však mohou někdy vést laboratoř k odchylkám od ideálního IQC konceptu: i) použití a práce s „nevhodným“ průměrem, protože je souběžně kontrolováno několik systémů / modulů pro stanovení téhož analytu, ii) použití a práce s „nevhodnou“ směrodatnou odchylkou, protože se musí zohlednit a respektovat variabilita mezi jednotlivými šaržemi. V práci jsou prezentovány běžné problémy spojené s těmito postupy. Tyto postupy mohou být i užitečné pro aplikování pacientských percentilů jako nástroje provádění IQC., This essay tries to put the very basics of internal quality control (IQC) into a nutshell. First, IQC is a necessary part for obtaining a valid result for a patients’ specimen. Establishing an effective IQC strategy requires basic statistical knowledge (mean, standard deviation and their confidence intervals). It also requires basic knowledge of power functions. The selection of an IQC-rule is always a compromise between power for error detection and probability of false reactions. Application of the allowable total error concept may be helpful in deciding about the most effective control rule for a specific analyte. This, however, requires decent knowledge about establishing analytical quality specifications. Practical considerations may lead the laboratory to deviate from the ideal IQC concept: i) working with the „wrong“ mean because several systems/modules have to be controlled for an analyte; ii) working with the „wrong“ standard deviation because lot-to-lot variation needs to be accommodated. Common problems associated with those practices are presented. It may be useful to add monitoring of patient percentiles to IQC monitoring., Stepman H., Stöckl D., and Literatura 3